当这些消息被在南京的潜伏人员以及在南京的外籍人士通过电台及各种方式传递出来后，立刻引起了中国人民的空前民族义愤，各种声势浩大的抗议活动此起彼伏，同时国民政府和各党派团体也纷纷发表声明痛斥日军的残酷暴行，并要求国际组织立即派人赴南京展开调查。
在国际上，主要舆论报道都偏向了中国一边，由当地华人和所在国和平人士发起的抗议活动也遍布各地。一些国家的政府或对此表示严重关注，或发表声明谴责日本违背国际公约的野蛮行为；英美法等国还宣布停止对日本的官方及民间贷款，并相应削减对日本的贸易额度；国际红十字会也宣布将派出专门小组前往南京调查，要求日本政府下令驻南京等地的日军予以配合。
而在日本政界和军界高层，也有人对军队在南京的表现表示了忧虑。
一月十一日上午，日本内阁发表声明，极力否认在南京有任何大规模的暴力行为，声言这些不过是中国政府为了转移民众视线而刻意制造出来的谎言，对个别发生的违反军纪现象，日本军方必会依照军法给予惩处云云，并在报刊上登载了日本宪兵在街头执勤，日军军医救治中国伤兵，南京城内井然有序等人为炮制的照片，
针对日本政府掩盖其屠杀罪行的声明，当天下午，中国国民革命军第十二集团军副总司令兼前敌总指挥谢昌云，以通电形式向所属部队发布命令：
从即日起，对凡参加南京大屠杀的日军部队，在与其作战时可以采取任何手段，并且不得收留俘虏。
当晚十一时三十分，从九江机场起飞的四架华南空军自行改装的夜航轰炸机，按照潜伏人员所指示的目标，向日军第十六师团设在南京郊外的一个营地投掷了四十八颗最新研制出来的凝固汽油弹，致使二千余名日军葬身火海，大批物资装备被烧成灰烬。
十二日，国民政府宣布公告，除对华友好人士之外，所有在华日籍人员均为不受欢迎的人，任何在沦陷区的日籍人员也均被视为军事人员，同时号召在日本的华人尽快离开日本。
十三日凌晨，两架中国空军的远程轰炸机飞临日本九州岛上空，撒下了百万张印有日军在南京以及中国各地所犯残暴罪行、以及被中国军队消灭掉大片日军尸骸的图片。
这是有史以来日本本土第一次遭受空袭，而且使相当多的日本民众得知了中日战争的真相，其作用要远胜于扔下几十颗炸弹。
包括日本高层人物在内的很多人都清楚，下一次落下来的就不会是轻飘飘的纸张了！
十四日，军事委员会发布命令，任命谢昌云为第九战区副司令长官。
虽然按能力、按战功谢昌云都当之无愧。但一个还不满二十二周岁的年轻人出任战区副长官，还是在全国再次引起了极大的轰动。
日军攻占南京之后，一方面需要进行休整和重新调整部署，另一方面也需要观察包括世界各国和中国政府的反应，所以在肃清了长江两岸几十公里范围内的中国残余军队之后，便暂停了沿津浦路和长江的进攻行动，转而动用原来在太湖南岸一带策应攻占南京的左路部队主力分三路向杭州逼近。
新任第三战区司令长官顾祝同，遵照军事委员会只需延滞、不求固守的命令，一方面以三个军的兵力对日军进行梯次阻击，一方面在杭州、宁波等杭州湾沿岸城市实行了大规模的转移。
而日军由于屡次被重创，一直忌惮十二集团军的存在，所以虽然有大量的飞机和军舰提供掩护，但是还是显得小心谨慎，在排兵布阵上不仅前后左右联系紧密，而且一遇有雨雾天气变立刻停止前进转入防御阵型，结果不但进展缓慢，反倒被中国军队抓住机会打了两次反击，并从容的完成了转移和完善了沿海失守之后的内陆防御体系。
顾祝同看到仅借用十二集团军的余威就能胜十万雄兵，于是便向蒋介石请求至少要给第三战区分派十二集团军下属一个军的兵力。
