“你在特别营基地，你能动吗？”
陈军晕了几秒钟才说：“我的头有点晕，我被固定住了吗？”
“调整回正。”女声说完，陈军的脑袋就缓缓的转过来，女声继续问，“你现在能做任务汇报吗？”
伴随着对话，和陈军被困在狭小的空间里，越来越多的疑问浮出。似乎陈军是在执行一次什么任务，还要做记忆修复的练习。
“莉莉醒来时穿着晚礼服和斗篷，在她手上有五张扑克牌……”
“这是一个笑话吗？”陈军想要挣脱束缚，一切却是徒劳。
而伴随着记忆修复练习，似乎一点一点的浮出了真相。
与陈军对话的女声，是来自范兵兵饰演的李慧上尉，而他已经在一次飞机演习中坠机，导致了重伤。陈军想和父亲通话，李慧上尉却让他回想任务，并让他再次回到那段火车上，去寻找炸毁火车的炸弹在哪，又是谁放的。
毫无准备的陈军，伴随着画面的切换，再一次像开头一样醒来。
“我听了你的建议，那是个很好的建议，谢谢。”宋慧乔像第一次一样，带着笑说。
陈军还是有些莫名其妙，随口应付一句：“这很好。”
“我已经决定去念法律……”
然后一切都像第一次，黄博拉开易拉罐，妇女洒了水到他的鞋子上……一切的一切，都和上一次一样，搞不明白的陈军，决定先找炸弹。炸弹很容易就找到了，但是他拆不掉，接着，又一次火焰滔天，一切结束。
“哇哦，越来越有趣了。”
“感觉有点头晕，等会，为什么爆炸了他死不掉？”
“很酷的故事，我已经猜到了，这似乎是一次次回到过去的时间线旅行，去制止犯罪。”
“恐怕你猜错了，我不觉得这是回到过去，镜子里面是两个人，似乎是像邪魔附身了一样。”
在观众的热情讨论中，镜头再度回到特别营基地。
然后又是得到一点点真相，接着回去火车上找炸弹，找罪犯，知道宋慧乔饰演的女孩名叫宋娜，找到炸弹，来不及拆，再被炸死，再回到特别营基地。真相就这样一点一点拼凑起来了。
原来，陈军在执行一项命名为“源代码”的任务，他本人已经在空难中牺牲，只剩下大脑还活着，军方研究了大脑的磁场，人死之后大脑的磁场依然带电，并能保存8分钟的记忆，源代码就利用这个远离，加上量子力学的计算，打开一扇通往依靠别人记忆组建的过去之门，还原当时的情景，找出所需要的情报。
“那8分钟之后会发生什么？”陈军疑问，
“那之后，什么都没有了。”王志文饰演，主持源代码计划的博士这样回答，“你不再存在于这列火车上，也不能再存在于源代码之中，所谓的8分钟后的未来。源代码不是时空旅行，正确的说，源代码是关于时间的重新分配，让我们能进入一个平行的现实。”
“但是我救了一个女孩，一个坐在我对面的女孩，我把她拉出了火车。”陈军不相信那只是个虚拟的世界。
这个说法随即被博士否定，陈军只得继续痛苦的执行源代码任务。
随着剧情的缓缓展开，陈军距离炸弹客越来越近，对宋娜也越来越迷恋，感觉这不仅仅是源代码世界，更是一个真实的世界。
最后，他成功的找到了炸弹客，炸弹客被警方逮捕，挽救了下一次爆炸袭击。陈军立功了，源代码任务告一段落。但是陈军坚信，源代码世界是一个真实的世界，更不想像这样不人不鬼的活着。
他向李慧求助，让他最后一次回到源代码世界，等八分钟的源代码旅程结束，结束他的生命。
最终在李慧的劝说下，博士同意了陈军的要求。
他被再次送回那辆火车。
“我听了你的建议。”
将手表定了八分钟，陈军抬起头，带着轻松的笑容：“你将去偏远山区支教，成为一名受人尊敬的老师……小心哦女士，别洒了水。”
陈军头也不回的伸手当了当，将莽撞的妇女挡开，免得洒水到自己的鞋子上。
宋娜继续说：“是呀，我想我会在山区，找到快乐。”
“或许你在出发之前可以和我一起吃一顿晚餐？”
“好呀……”
陈军大胆的表白，而宋娜也高兴的接受。
“我真的很高兴，这样的感觉真好。”
“为什么？”
