话说狄仁杰虽然声势大振，但终究是体力不支，纳兰琉璃在替狄仁杰挡招后受到了重伤更是被周重等人给控制住了，以此来要挟狄仁杰等人，眼看狄仁杰三人在生死边缘徘徊之际，忽然程三刚带着他的斧头横空出世，原来，程三刚在京城坐不住，他一直很担心狄仁杰，追到了南疆，于此生死关头，程三刚终于爆发出了他可怕的千人敌实力水准，大败突厥人万象门等人。
眼看胜利节节在望，突厥人乌勒石碌逃跑了，在逃跑前他用龙珠召唤出了黑色蛟龙，黑色蛟龙一出，天地变色，引来了大骚乱，黑色蛟龙无视一切的战斗力，根本不是凡人可以抵挡的。
此战终于变成了狄仁杰等众人与黑色蛟龙的作战，就在这时，倭国人裴尹尊出现了。
他带着天丛云剑草雉开始屠龙，狄仁杰其实心里早有计算，他猜的果然没错，裴尹尊根本不是什么普通人，裴尹尊就是当初消失在大唐里的武氏真将多宝鹿。
真将多宝鹿一辈子都在寻找蛟龙，他的使命便是为日本天皇带回龙元回家，此时此刻他豁出去了性命与蛟龙相搏。
可惜，真将多宝鹿的草雉剑虽然是神剑，可以将黑色蛟龙打伤，但人力绝非蛟龙之敌，眼看真将多宝鹿要被蛟龙杀死，狄仁杰救了他一命。
在对战蛟龙的最关键时刻，狄仁杰终于找到了蛟龙的弱点，蛟龙的额头上有一处缺口，狄仁杰利用这缺口给了蛟龙沉重一击，就在这时，宋秋水也出现了，宋秋水观战很久了，她带着天下第一和天下第二的神兵匕首突然出现，名为断玉与削金。宋秋水暗中得到了武氏的命令，想要坐收渔翁之利趁机将黑色蛟龙的龙元摘下来，可惜，黑色蛟龙虽然受了伤，但仍旧强大无比，蛟龙勃然大怒，当场将宋秋水重伤在地，眼看宋秋水偷鸡不成蚀把米就要被蛟龙一爪杀死，狄仁杰再次出手从蛟龙的手上救下了宋秋水。
所有人的体力都不足够支撑继续与蛟龙作战了，连程三刚都有些绝望了，就在这时，号称三十六剑的天下第一剑客李光孝出现了，陈尚山是李光孝的救命恩人，李光孝得知陈尚山有难，前来相救，李光孝手持名剑“画龙”，与“点睛“尺狄仁杰，”断玉与削金“宋秋水，程三刚，纳兰琉璃，陈尚山等众人合力将这个蛟龙再次重创。
可惜，人力终究还是无法屠龙，当所有人都绝望的时候，觉得必死无疑今天，白色蛟龙出现了，白色蛟龙性格温顺，它叼着遗失的蛟珠来到了黑色蛟龙身边，在一阵劝慰之下，两条蛟龙这才消失在了天地间。
狄仁杰好不容易解决蛟龙之难后回到长安城，却发现长安城此时流言再次四起，许多脏水也被泼到了狄仁杰的身上，武氏怀疑狄仁杰和神秘势力勾结，把这一切的罪过归咎到了狄仁杰的头上，被诬陷的他发现是自己的老对手诸葛恭居在背后咬了自己一口，被定罪的狄仁杰百口难辨，只有宋秋水和程三刚两个人在大殿上为自己正名，武氏将狄仁杰打入大牢，同时对宋秋水产生不满，认为自己的爱将爱上了狄仁杰是被同化了，其中也掺杂着一些嫉妒的心理，所以下令宋秋水亲手斩下狄仁杰的头颅。
在大殿之上，狄仁杰的好朋友程三刚为了证明狄仁杰的清白，更是不惜自插三刀，以血明志，声称狄仁杰如若是叛徒，那么自己第一个就自裁在大殿之上。
武氏亲自在名乐广场上监督宋秋水斩首狄仁杰，就当宋秋水下不去手的时候，天下第一高手李光孝忽然再次出现，击退众人，救下了狄仁杰。
好不容易逃脱的狄仁杰第一个找到诸葛恭居，逼问自己的老朋友老对手为何会诬陷自己，诸葛恭居告诉他之所以会诬陷，一方面是暗中得到了神秘人的证据和线索，另一方面确实存在私心，因为只要狄仁杰死了，自己就可以稳坐大理寺卿的位置，并且官运亨通。
