剩余人员在天机门各堂院系的基础上，整合了原堂门的功能。太极阁、天机院、药王圃、神龟堂、玄女宫和八大内堂进阶了功能再分布。
神龟堂终于被许少东更名为更加现代的军情五处，这个他梦想中的名字，听上去和其它类的有点儿格格不入，不过，好在天下人已经习惯长生天机门下多标新立异，也会见怪不怪。再者，这可是绝密级的部门，天机门的耳目，没几个知道的。
军情五处独领一军，人员由许少东的人自行在全派内挑选，挑谁就要给谁，优先一等。
五院去了神龟堂之后，新成立了一个聚灵院，主修灵神系功法，填补上三系修炼的空白。堂主由上官琬儿担任。这样，天机门核心院系便是太极院、药王院、天机院、玄女院和聚灵院。
尔后是先天八堂：对于着天地风雷、山泽水火八大功法系列，主要职能是培训四百万军士的培训机构，从筑基至结丹，从元婴至大乘，大乘以上共三个分级，相当于后世的初中高级的军事学院，为盗天修士提供不断的进阶机会。而五院的天机院负责龟山决以聚气和炼体为主，聚灵院负责指导灵体修炼。
科学院仍然独立存在于各院系之外，享有一定的特权，并且可以招收有志从事科学事业的长生，甚至十方青年，包括妖兽在内的修士加入，被称为鬼才的上官嫣然得到了副门主级的行使权，正高兴得不行不行的，和他的弟弟上官静宜围在上官元通，显现已经有些不耐烦了。她心里可是没底，不知道她的那些天才、长寿的极为无聊的手下们这时候在家里已经给她弄出什么可怕的东西了。
上官琬儿暂时没有回归，聚灵院的事仍然由万能的副门主紫玉来担当一些。
柳宗源好不容易说完了人事任命，长出了一口气，回到了自己长老院那个群落里，就等着万众瞩目的新门主来发号施令了！
所在获得新任命的人都高兴起来，全新的修炼之路开始了！而天机门下同样十分高兴，所修功法将要有用武之地，因为他们从四百万人队中嗅到了一丝战争的感觉。
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