在这种草木皆兵的情势下，忽必烈听从了朝中杀文天祥的呼声，在最后见了文天祥一面后，于1283年1月下令杀死了南宋最后的傲骨。一些史学家从朝代精神的维度说，文天祥死后，宋朝真的是亡了。
不过，宋朝最后的皇帝赵?并未被杀。在杀死文天祥后，赵?母子以及他的老师、著名诗人汪元量等人，从大都被迁到了上都开平府（今内蒙古正蓝旗闪电河中游一带）。元朝君臣认为，在蒙古人自己的腹地，他们能更好地监管和控制这名前朝末帝。
迁往蒙古腹地后，赵?的命运进入了捉摸不定的状态。
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历史上关于赵?被发遣到上都之后有关经历的记载，夹杂着传说与真实，显得扑朔迷离。在接下来的叙述中，笔者将会不断引入这些记载，并考辨它们的真实性。
1288年，在正史中消失了数年后，赵?突然被记载了一笔。这条史料是这样的：
（忽必烈）赐瀛国公赵?钞百锭。
元世祖忽必烈赐给赵?一大笔钱。后来，明朝一些史学家据此推断，赵?之前的基本生活保障可能很成问题，估计吃不饱穿不暖。
但在赐钱10多天后，赵?被安排“学佛法于吐蕃”。也就是说，赵?要到西藏出家为僧了。这一年，他18岁，改名“合尊”，在藏传佛教著名寺院萨迦寺为僧。他的母亲全太后同时也被打发，出家为尼，后来悄然离世，几乎无人知晓。
至于赵?为什么会出家，历史上有一个流传甚广的说法，说赵?降元之后，忽必烈为笼络南宋汉人，将一名公主嫁与赵?为妻。在一次皇帝的宴会上，赵?因醉酒现出“真龙”之形，惊吓到忽必烈，元朝君臣遂密谋除掉赵?。公主听闻后，痛哭流涕向忽必烈求情，赵?为了免于杀身之祸，也自请出家为僧。
这个故事带有太多离奇色彩，当然不尽可信。忽必烈的几个女儿，根据史书记载，无一嫁与赵?。而且，元朝宗室制度，非勋臣世族及封国之君，不得娶公主为妻。赵?作为亡国之俘，绝无可能娶到蒙古公主。但这个故事透露出来的关于赵?的危险处境，则可以认定是真实的。
在上都的5年时间里，赵?从少年成长为十七八岁的青年。这几年间，元朝的政治版图内，仍然不时有暴民造反、宗王叛乱的事件发生。特别是在南宋故土，聚众造反者往往伪称赵宋后人，并以宋朝年号号召起义。在这种情况下，无论是元朝统治者还是民间造反者，都会想到身在上都开平府的那位已经步入青年的南宋末帝。越来越多的奏折递到元朝皇帝忽必烈面前，这些奏折对如何重新处置赵?提出了建议，有的甚至建议直接诛杀，以绝后患。赵?肯定也有所耳闻，知道自身处境的险恶，因此“乞为僧，往吐蕃学佛法”，希望远离上都、远离政治以求自保。
忽必烈显露了他仁慈的一面，同意了赵?的请求，赐给他一大笔钱，并将他安置在萨迦寺修行。
萨迦寺是藏传佛教中萨迦派的主寺，元朝统治者信仰藏传佛教，与萨迦派的关系尤其密切，历代皇帝都任命萨迦僧人为帝师，代表朝廷管理西藏地方的政教事务。忽必烈将赵?送到萨迦寺，既便于继续对赵?进行监视和控制，防止南宋遗民以救主复国之名倡行起义，又能够向南人昭示，看你们的皇帝已经皈依藏传佛教了，有利于促进民族融合，稳定大局。
诗人汪元量当年作为赵?的老师，一起北上大都，又一起被遣往上都。如今，赵?被送往西藏出家，汪元量也请求南下出家为道士，忽必烈同意了。于是在赵?出家的同一年，1288年，汪元量获准回到了杭州。关于赵?母子的出家，汪元量写了两首诗：
瀛国公入西域为僧，号木波讲师
木老西天去，袈裟说梵文。
生前从此别，去后不相闻。
忍听北方雁，愁看西域云。
永怀心未已，梁月白纷纷。
全太后为尼
南国旧王母，西方新世尊。
头颅归妙相，富贵悟空门。
传法优婆域，诵经孤独园。
夜阑清磐罢，趺坐雪花繁。
人世无常，曾经贵为天子与太后，现在却剩下寂寞的命运。读来确实令人心生悲凉和同情。
