宋真宗想起了毕士安，这时候，或许只有毕士安才是解开这道难题的人。于是，宋真宗召见了毕士安，与他商量此事的处置办法。
宋真宗将诉状和提审记录交给毕士安看，并说出了自己的担忧。寇准刚当上宰相，宋朝就出现这样的事，绝不简单。况且，一介布衣，是如何知道寇准与安王勾结谋反的？这种一下子就点到人死穴的做法，也绝非一般人能够想出来，哪怕这个人是宋朝的宰相。
其实毕士安早就知道此事了。对于此事，毕士安似乎与宋真宗有着同样的疑惑。毕士安极力为寇准辩解，担保寇准绝不是这样的人，他一直忠于朝廷，忠于官家，从未想过叛变。毕士安还提及当年寇准推荐宋真宗为太子的往事，如果寇准有意谋反，何必要在先帝面前推荐官家呢？宋真宗觉得毕士安说得有理，但这件事整个天下都在关注，必须要谨慎处理。毕士安请求宋真宗将此事交给他，让他去审理，保证给天下一个满意的调查答案。(67)
看到毕士安一副成竹在胸的样子，宋真宗答应了。他相信毕士安的为人，也相信毕士安的能力。
毕士安回去后，便立即提审了申宗古。既然这个申宗古一口咬定寇准谋反，那就得听一听申宗古的状告，让申宗古把该说的都说了。至于毕士安联想到的某些不该说的，也得让申宗古说了。
为了将此事的影响减到最小程度，这次毕士安做得比较隐蔽。他害怕消息走漏，也害怕牵扯出更多的人，便将申宗古秘密押解到一个地方，身边全部换成自己的人。这样，整个审理过程都成了一个谜，外界根本不知道如何审理此案的。那些高度关注这件事的人，也只能就此却步。毕士安很清楚，这件事责任重大，牵涉多人，他要对这一切负责。
对于此事，毕士安在听到后便能猜出背后的操纵者，这与胡旦当年鼓动翟马周之事十分相似。这时候，毕士安问申宗古，是谁指使他干的？起初，申宗古还执意说这件事是他自己做的，背后没有人。毕士安笑了，那笑容让申宗古猜不透，这个首相要干什么。
可毕士安也在地方上任过职，尽管此时他是宋朝宰相，但他是从地方官一步步干到这个职位的，任何案件在他面前，他都能看出其中的玄妙。对诉讼案件的处理，他自有其一套办法。看到申宗古躲闪的眼神，毕士安就知道这其中必有隐情。
毕士安对申宗古警告道，既然你不说，那就让你尝点儿苦头，你再决定说不说。随即，那些狱卒便动起手来，用刑罚让申宗古享受了一番。不承想，还没动用最严酷的刑罚，申宗古就坚持不住，放下了不扳倒寇准决不罢休的劲头，招供了。
可是具体招出了谁，史籍资料中没有记载，我们也无从知晓。史籍中记载的是，毕士安审理完案子之后，得出了一个结论：申宗古诬告朝廷重臣，所谓寇准谋反之说，纯属子虚乌有。(68)
不久，毕士安便对申宗古判了刑，择日斩首示众。(69)
可事实真的是这样吗？或许宋真宗的担心成了某种现实，因为在寇准后来的为官生涯中，随着与他为敌的力量一点点地显现出来，宋真宗最终罢免了寇准的宰相。当然，这是后话。
应该说，在处理申宗古状告寇准与安王赵元杰谋反案件中，毕士安顺藤摸瓜，一定找到了主使申宗古诬陷寇准的人，也就是那位幕后黑手。这一定是个有组织的犯罪团伙，他们组织严密，分工细致。而且这个组织涉及的人，一定是朝中高官。
当年，对于寇准因为过于强势而得罪各种势力的事情，毕士安早有耳闻，甚至亲眼见过寇准的强硬。可这个寇准是他推荐的人，这时候，他总不能自己站出来说寇准确实有问题。当然，如果寇准真有问题，毕士安也绝不会手软。可申宗古案状告寇准谋反一案，就是一个彻头彻尾的诬告案。而且参与这件事的人，手段之高明，无人能及。他们诬陷寇准和安王赵元杰谋反，在他们看来，是一步绝妙的好棋。
