仆射袁宪在王朝的最后时刻不离不弃，还在陈叔宝身边。空****的朝廷中，只剩下陈叔宝和袁宪两个人了。陈叔宝伤感地说：“朕从来待众臣不薄，今天众人皆弃我而去，只有你留了下来。不遇岁寒，焉知松柏后凋也？我朝就要灭亡了，并不是朕无德，而是江东衣冠道尽啊。”诚然，大臣们道德低劣，没有为国尽忠之心是陈朝速亡的一大原因，但是陈叔宝不理国事、荒**无度，更是主要原因。
陈叔宝说完，也要找个地方躲藏起来。袁宪劝说道：“皇上是九五之尊，北兵来了，想必也不敢对陛下怎么样。事已至此，陛下还能到什么地方去呢？不如整理衣冠，端坐在正殿之上，像当年梁武帝见侯景的样子，去见隋军。”梁朝时期，北方军阀侯景先降南方，继而叛乱。侯景占领建康的时候，梁武帝萧衍就是端正衣冠，坦然去见乱军的。然而，陈叔宝哪有萧衍那样的气魄，他又一次拒绝了袁宪的劝谏，像无头苍蝇一样在宫廷中找藏身的地方。袁宪还想劝，陈叔宝说：“锋刃之下，哪有儿戏，朕自有办法！”
陈叔宝跑到后堂景阳殿，发现了一口深井，突然计上心头。他赶紧找来张贵妃、孔贵嫔，三人抱在一起，拉住一根绳子，跳入井中躲藏起来。袁宪一直跟在陈叔宝身边，见皇帝找到了这么一个藏身之处，悲伤欲绝，跪地痛哭，最后朝着深井叩首，逃命去了。后来，袁宪被俘，投降了隋朝，做了昌州刺史。
而韩擒虎的部队冲入皇宫后，果然到处搜不到陈叔宝。隋兵就捉了几个内侍，逼问陈叔宝藏在什么地方，最后，一个内侍指了指井口。隋朝士兵看井里漆黑一团，叫几声没人应答，不相信一个皇帝会藏在里面。有个隋兵往下扔了一块石头，才听到下面传来求饶的声音。于是，众军扔下绳子到井里，喝令陈叔宝拽住绳子上来。大家拉绳子的时候，觉得绳子特别重，有人就打趣说：“别人都说南方人瘦，怎么陈叔宝这么胖啊！”拉上来一看，原来是陈叔宝和张贵妃、孔贵嫔三个人。看着陈叔宝狼狈的样子，众人笑得前仰后翻。
据说当时张丽华的胭脂蹭在井口，有人就称这口井为“胭脂井”。又有人不齿于陈叔宝祸国自取其辱的行为，把它叫作“耻辱井”。
贺若弼率领部队随后进入皇宫，他听说韩擒虎捉住了陈叔宝，传令将陈叔宝带来看看。陈叔宝来了后，诚惶诚恐，汗流浃背，双腿战栗，向贺若弼求饶不止。贺若弼很实在，安慰说：“你是小国之君，进入我大隋后，还能做个归命侯（东吴的末代皇帝孙皓被俘后，就被封为‘归命侯’），不需要恐惧！”陈叔宝再三拜谢，心里宽慰许多，可还是战战兢兢，声音发抖。
除了江东战场外，隋军在其他各条战线也都进展顺利。
杨素率领舰队出三峡，原本计划进攻两湖地区，但陈军在三峡横缀了大铁索，阻碍了杨素战舰的东下。后来，杨素发动夜袭，一举打败陈军守卫部队，然后率水军东下，舰船遍布江面，旌甲曜日。隋军以破竹之势先后打败各处陈军。一路上，杨素端坐船上，两岸的陈国百姓看到他，仿佛看到了江神，心生畏惧。杨素打到巴陵（今湖南岳阳）的时候，陈朝的地方政权已经土崩瓦解了。最后，杨素与秦王杨俊胜利会师。
陈朝南部广袤的岭南地区，处于半自治的状态。隋灭陈的时候，岭南各地奉高凉（今广东阳江西）的冼夫人为主，保境据守。这位冼夫人是原来高凉太守冯宝的妻子，已经六十多岁了，经过了历次的政治风云，威望很高，被岭南人视为“圣母”。陈叔宝被俘后，按照杨坚的意思给冼夫人写了一封信，告诉她说陈朝已经灭亡了，要求冼夫人带着岭南各州县投降隋朝。接着，杨坚派遣韦洸携带陈叔宝的亲笔信、兵符和冼夫人之前进献给陈朝皇帝的“扶南犀杖”，招降冼夫人。冼夫人知道陈朝灭亡的消息后，召集各地和各部落首领数千人集体痛哭了一整天，然后派孙子冯魂前去迎接韦洸进入岭南。岭南各地也并入了隋朝的版图，冼夫人因功被封为宋康郡夫人。
建康沦陷后，江东的部分地区拒不投降。正月底二月初，隋军把主要精力都花在消灭江东的陈朝残余势力上。隋朝大将宇文述率领三万人，也参加了伐陈的战争，一度占领石头城（今南京城西清凉山）。现在，宇文述联合从海上来的燕荣的军队，将各地的抵抗势力逐一击破。
就这样，四百年的分裂局面就此结束，中国重新迈向大一统的盛世。
各地初定，高颎作为“接收大员”，先行进入建康，接收陈朝图籍，封锁府库。名义上的主帅杨广早早就听说了张丽华的美貌，在高颎出发前私下拜托说：“您进入建康，一定要找到张丽华，不要伤害她啊。”然而，高颎一点面子都不给杨广，把张丽华叫来后，说：“此等妖妃，岂可留得？昔日姜太公灭纣，蒙面斩妲己，我也要学他。”说完，高颎就将张丽华的脑袋给砍了下来。
杨广不久也到了建康，知道实情后自然对高颎“有意见”了。
除了求色不成外，杨广的其他作为还是可圈可点的。在建康城，杨广公开处死了压下媚上、重赋厚敛、为政苛暴的湘州刺史施文庆、散骑常侍沈客卿、市令阳慧朗、刑法监徐析等人；又“收图籍，封府库，资财一无所取”；严令军队“秋毫无所犯，称为清白”，因此天下都称赞他的贤德。杨广兄弟五人，经过平陈战役，杨广的声望陡然升高，成为兄弟中名声最大最好的一个。
杨坚对二儿子也很满意，任命杨广为江南总管，留在南方镇抚各地。杨广奏请以宇文述为寿州总管，协助自己统治江南。杨广治理江南十年，其间南方经济迅速复苏，社会安定，百姓安居。从这个方面来说，杨广、宇文述等人功劳不小。
