当时李勣还握有重兵，据守黎阳。李渊派人带着李密的脑袋去向李勣说明情况。李勣奏请收葬李密，让旧主子身首合一，全尸安葬。李渊同意了。于是，李勣操办了李密的丧事，三军缟素，办得很风光，并以君礼安葬在黎阳山西南五里，坟高七仞。李密在关东地区影响很大，有一批铁杆粉丝。在李密的葬礼上，有许多人悲伤哭泣，直至呕血。
隋末最强大的农民起义军队伍，就这样戏剧性地消失了。
却说躲在魏县的宇文化及，日子越来越不好过，手下将士逃跑得越来越多。宇文化及知道自己必败，叹道：“人生终究当死，岂能不感受一下当皇帝的感觉！”于是，他毒杀了傀儡皇帝杨浩，在魏县即帝位，国号“许”，改元“天寿”。宇文化及麾下没什么可以拿得出手的人才，只有一个裴矩。他便任命裴矩为尚书右仆射，封蔡国公。宇文化及这么做完全是赌徒心理使然，破罐子破摔，反正要死了，过把皇帝瘾再死岂不更好。
武德二年（619）正月，李渊派淮安王李神通进攻宇文化及。宇文化及完全没有应战的信心，干脆不打，向东逃到山东聊城。李神通尾随宇文化及赶到聊城，开始围攻。
这时，宇文化及病急乱投医了，他给割据幽州的罗艺写了一封信，要招降罗艺。罗艺盘踞幽州多年，比宇文化及强大得多，怎么可能反过来投降穷途末路的宇文化及。罗艺不仅不投降，还奚落了宇文化及一顿：“我是隋朝旧臣，深感朝廷大恩。宇文逆贼颠覆朝堂，令我痛心疾首。”罗艺将宇文化及的使者砍了脑袋，然后宣布为隋炀帝杨广发丧，大哭三天。
不过，宇文化及的招降工作在山东地区竟然取得了成功。山东农民起义的“元老”王薄接受了宇文化及的招降，率军赶来和宇文化及的部队共同守城。李神通攻城不克，暂且退军。
河北农民军领袖窦建德在武德元年（618）冬至就已经正式建国，定都乐寿，国号“夏”，改元“五凤”。杨广死讯传到河北后，固守的河间等地隋朝官员纷纷投降了窦建德。窦建德都以礼相待，并且高调扬言与宇文化及为仇敌，要为隋复仇。现在宇文化及被围困在聊城，窦建德随即以讨逆为名，发大军去攻聊城。不等宇文化及有所反应，聊城的大门洞开——王薄打开了城门，放窦建德入城。宇文化及和窦建德相比，王薄更喜欢窦建德，毕竟曾经同是革命战友。
窦建德入城后，将宇文智及、杨士览、元武达、许弘仁、孟景等人全部斩首，将宇文化及和他的儿子宇文承基、宇文承趾押至襄国郡（今河北邢台）斩首。宇文化及的弟弟、隋朝驸马宇文士及反应迅速，城破后抛妻弃子，逃亡济北，又向西投降了唐朝。
宇文化及的许政权灭亡，隋朝的传国玺及卤簿仪仗尽入窦建德之手。窦建德毕竟是以替隋炀帝报仇为由，入城后对残存的隋朝皇室、大臣百官们相当客气。他先去见萧皇后，并穿上素服为隋炀帝杨广哭丧尽哀，然后接见被俘的隋朝官员。
那些隋朝旧臣颠沛流离，已经成了惊弓之鸟。他们见到传说中河北地区最大的造反者窦建德后，莫不诚惶诚恐，战战兢兢。只有杨广的女儿、宇文士及的妻子南阳公主神色自若，见到窦建德时侃侃而谈。说到国破家亡，自己一介女流不能报仇雪耻时，南阳公主泪如雨下，泣不成声。窦建德和其他听众莫不为之动容，陪着流泪。南阳公主和宇文士及生了一个儿子，叫作宇文禅师，年仅十岁。孩子虽小，也算是宇文家的子孙，要为伯伯宇文化及的弑君行为连坐，必须杀头。窦建德敬重南阳公主，就问她：“宇文化及弑君，将族灭其宗。公主之子，本应当从坐，如果公主不能割爱，就赦免了孩子。”谁想南阳公主哭诉：“此事何须见问？”她拒绝了窦建德的好意，宇文禅师还是被作为叛贼给杀掉了。
最后，窦建德让隋朝的文武百官和尚有上万人的前近卫官兵自由选择，听其自去。对于愿意留下来的人，窦建德选择其中的优秀人才充实自己的队伍。他任命裴矩为左仆射，负责人事选举，虞世南为黄门侍郎，欧阳询为太常卿，等等。其他隋朝残余势力的去向大致是三条：回关中老家投靠唐朝，去洛阳投靠王世充，去东突厥（隋朝的义成公主在那里）。无论官兵的去处如何，窦建德都发给路费。同年，窦建德攻克黎阳、齐州、兖州等地，建都洛州。裴矩替他的朝廷“创定朝仪，权设法律”。看到阵营越来越有王朝的样子，窦建德很高兴，继续忙着攻城略地，甚至制定了更加长远的谋划。
宇文化及死后，王薄也不是真心投靠窦建德，很快就带着队伍和地盘投降了唐朝。李渊任命王薄为齐州总管（驻历城，今山东济南）。从此，王薄这位隋末农民起义军的“革命先驱”忙着在山东地区教训“革命晚辈”们，劝说各个州县的农民军投降唐朝。不听劝的，王薄就和他们兵戎相见。或许是知根知底，王薄在与农民起义军的战斗中，取得了相当不错的成绩，为唐朝拓展了青州、密州、莱州等地盘。
然而，农民起义的早期历史就是一部“江湖的历史”，里面免不了恩怨仇杀。武德五年（622）三月，王薄被仇家刺杀而死。
