在大阪的铃木财团所属美术馆，即将展出沙俄时代的俄国皇室秘宝回忆之卵，其实也就是镶嵌着无数珠宝的蛋形空心宝器，事实上，这个蛋蛋乃是当年尼古拉二世送给皇后的礼物，在三十年里一共送出去五十个，本来有那么多同类自然也算不得什么稀世珍宝，可偏偏这次发现的居然是没有记载于册的第五十一个，所以风声一传出去，很快招来了各界的目光，而很长时间都没怎么出来过的怪盗基德，此时也发出了信函，列了三四行鬼都看不明白的文字，表示这是预告函暗语，还声称自己将按照上面所说的时间地点出现，取走那颗珍宝。
于是铃木会长便要求毛利小五郎前来协助，同时参与防火防盗防基德的众警察也情绪高涨，在动员大会上高呼口号誓将小偷关进班房。
就这热烈的气氛中，毛利小五郎父女以及柯南来到了大阪铃木美术馆，在那里，他们又碰到了俄罗斯大使馆的书记、珠宝美术商、罗马王朝研究家、职业摄影师以及服部平次。
不得不说一句，尽管这次平次只是露了一小脸儿，可只要他出现了，势必就代表着这将是一部颇具沧桑感的作品，无论是主角还是跑龙套都一样，这叫做人物属性。
不过，尽管大伙欢聚一堂齐心协力地献计献策，但最终仍然没法完美地解读出基德发来的暗号，这颗回忆之卵还是被他顺利地拿走了。
然而，就在基德的逃跑途中，却被一神秘杀手击中右眼落入海中生死不明，一路拿着新型滑板尾随的柯南便趁机夺回了一同掉下的回忆之卵。
本来以为就此便算大功告成可以开庆功宴的时候，铃木家却又来了一位不速之客，她名叫香阪夏美，就是当年制作回忆之卵的工匠喜一的后人，同时也是一个相当漂亮的日俄混血。
夏美此次前来，是因为她在整理自己祖母遗物的时候，意外地发现了当年曾祖父，即做蛋工匠喜一的手稿，可手稿和电视上放的实物完全不是一个，所以特地前来寻求真相。
在认真看完了原稿之后，柯南判断，所谓的回忆之卵应该还有一个，并且认为，藏蛋地点就在夏美曾祖父所盖的城堡里。
就这样，在场的所有人都做出了一致决定，一起上城堡里去瞧一瞧，顺便也看一看是不是真有第二颗蛋，若真有，那么到时候就得看个人的本事，能不能将其占为己有了。
然而，在前往城堡的一路上以及到达城堡之后，都陆陆续续出现了死者，先是一个姓寒川的记者，接着又是一个姓乾的珠宝商。令人觉得奇怪的是，这两位都是被击中右眼而亡，但除了凭此判断出是一人所为之外，其他的却一概无从知晓。
在追查凶手的同时，柯南他们也终于在城堡的地下室里找到了那颗手稿上的回忆之卵，并且也知道了为何会被取名回忆——蛋的里面是沙皇一家坐看相册的黄金雕塑，当它和铃木家的那个空心蛋合体之后，可以通过光照如放幻灯一般的投影于壁。
也就是说，其实那两颗蛋是一颗。
随着宝物的发现，凶手也终于浮出了水面，她就是当年沙皇尼古拉二世的御前国师，人称怪僧的拉斯普金——的后裔，长相出众且会多国文字的日俄混血浦思青兰。
她坚持认为这枚从未被发现的宝蛋其实并非是送给皇后的礼物，而应该是沙皇作为常年支持自己政权，并且对沙俄做出累累贡献的祖先的馈赠。所以，作为后人的她来讲，就有义务去将宝物夺还，即便是杀再多的人也毫不吝惜。
这又是一个典型的自作主张觉得全世界都亏欠了自己而引发的谋财害命事件，本作中连毛利小五郎都险些惨遭杀害，原因是他说了拉斯普金的坏话，从而惹毛了浦思青兰，才打算将其杀害以祭祖宗在天之灵。
不过最终罪犯还是没能逃脱柯南的智慧，即便是拿着枪对着小侦探的右眼猛然一炮，可也难当阿笠博士发明的特殊镜片——将子弹华丽丽地给弹开了，而柯南只是头往后微微一扬，毫发无伤。
