然而，东北军区对蒙叛乱反应迅速，用兵果断。乌泰穷途末路，在“十八罗汉”等亲兵护卫下，放弃王府，连夜逃往索伦山。随后，黑龙江省驻军攻破拉什敏珠尔的镇国公府，拉什敏珠尔下令“自行焚毁”公府，在混乱中带少部分亲随败逃海拉尔。
东北军区部队历时一个多月，经过大小战斗三十余次，彻底平定了乌泰、拉什敏珠尔的“独立”动乱。击毙叛匪七百五十七人，击伤千余人，缴获各种枪支五百余杆，有力地打击了分裂势力，维护了祖国统一。
同时，东北军区剿匪部队借此机会，取得了增兵内蒙的名义和事实，开始从东面向外蒙逼近。但困难还是很大的，姚雨平电示中央：“购备粮台筹款非易，不得不暂从缓办，仍望激励将士严防勿懈。且蒙地环境恶劣，蒙边一带地极寥阔，我军向未经过，所有该山川形势以及便于攻守各要隘均属茫然，难期致胜，请由中央函致测量局，速将前测该处地图检发若干份从速寄来，以便考察攻守之地点。另外蒙叛军大部为骑兵，行动快速。我军出探搜索及传达命令，以及抄袭御敌迅速，非有得力马队，万难取胜。”
根据蒙古地区的自然条件，自古以来用兵作战利于骑兵，不利于步兵。外蒙叛军行动快速，这就多少弥补了其数量不足和组织不严的弱点。政府军的装备虽优于叛军，但多数是步兵，行动缓慢，以致外蒙叛军向内蒙进犯，政府军经常受到袭击。
当一地吃紧时，增援部队往往缓不济急，以致遭到不少损失。只有就地招募和改编部队，组建骑兵营、团，并从后方增调骑兵部队，从而大大改善部队的机动能力。才能进军外蒙，与叛军作战。
为了进一步了解与蒙匪作战的经验和不足，陆军部特发电令，召吴俊升、万福麟等军官进京汇报，并将进行表彰嘉奖。
同时，陆军部又作出了一连串的军事部署。以防备外蒙叛匪窜犯。热河、察哈尔、山西、绥远等地的驻军开始进行集结并开赴各军事要点。总计共有官兵三万九千九百余人，大炮八十六门，机关枪一百四十八挺。
另外，大批援军也得到命令，开始向滂江（今内蒙苏尼特右旗东二十五公里）、拜申图（今内蒙乌拉特中后联合旗东北三十公里）、大佘太诸要隘开进。
西北军区司令黎元洪也得到命令，开始向新疆等地增调兵力，并加紧梳理前清原驻疆部队，做反攻科布多的准备，从西面威胁外蒙。
俄国策动外蒙各地叛乱。唐努乌梁海是唯一例外，原因是它决定直接加以霸占。当时，廓索维慈在北京俄使馆找到早年档案一件，报告俄政府，捕风捉影地把它作为唐努乌梁海归属俄国的根据。沙皇尼古拉二世批道：“我完全同意驻北京代办的意见。从讨论乌梁海地区问题以来，中国发生了巨大的变化，我们必须更积极解决此事，否则我们在中国边界上就得不到什么利益。”
沙俄惯于乘人之危。趁火打劫，鲸吞邻国领土。尼古拉二世这时情不自禁地回忆起老祖宗亚历山大二世利用第二次鸦片战争时期清政府的困难处境。强占黑龙江以北、乌苏里江以东大片中国领土的历史。现在又决定如法炮制，夺取唐努乌梁海，硬把它与外蒙分开，置于沙俄政府的直接统治之下，列入俄国的版图。
俄国唆使外蒙宣布独立后，便向共和国政府发出照会。表示可以充当中蒙之间的调停人，“目的在于缔结一项保证蒙古自治的中蒙条约”，其主要内容应包括中国承诺不在蒙古驻扎军队，不以汉人开垦蒙地，不在蒙古设置中国行政机构；蒙古承认中国的宗主权。允许在外蒙驻派官员。
除此以外，俄国还提出中国政府在蒙古采取的措施，应与它磋商，并由驻库伦俄领事监督双方遵守条约的情况。俄国还要求中国政府同意它取得修筑蒙古铁路的优先权，建造库伦到俄国境内的铁路。
而共和国政府表现得很强硬，国务卿陈文强郑重通知俄国公使：内外蒙是中国不可分割的领土，所涉事务皆属中国内政，中国如何处理，与外国无关。
