除内阁议定的内地各省以外，云南、九边地区作为军事缓冲地区，那里的卫所会继续保留。
刚刚收复的辽东地区，也需要兵马常驻来稳固，所以崇祯打算在辽东地区重新设置卫所和奴儿干都司。
同内地的三级兵制一样，这些保留下来的卫所也会统属于五军都督府。
五军都督府，这是全国兵马名义上的最高统属，也是崇祯保证兵权牢牢在手的关键。
但凡是稍微有些战功的军将，身上无不挂着五军都督府的衔头。
明朝建国之初，大都督府总揽军旅、军政大权，建立五府、六部后，军旅、军政之权分属于五军都督府和兵部。
在崇祯刚刚穿越来的时候，军旅、军政之权却又渐趋统一于兵部。
在最开始的几年内，崇祯与东林党集团斗智斗勇，总算将全国兵权抓在手里。
在崇祯看来，军队应该被高度集中的皇权所统一。
如今兵权既已在手，崇祯要做的，就是将其向后世皇帝延续下去，避免出现自己死后被兵部和文臣分权的现象。
崇祯的看法很简单，兵权只有高度的集中统一才有较强的战斗力，而只有皇权紧紧抓着兵权时，地方或朝廷才不会有任何变故。
从这个角度来看，五军都督府不能裁撤，反而需要加强。
诚然，现在的五军都督府早成了兵部的附属，的确需要加强，但加强也需要一个度，做起来又很麻烦。
如果过分加强，造成武将的拥兵自重，朝廷管辖不及，反而会出现更大的乱子。
明朝前期大都督府权力的削弱和兵部权力的加强是一种进步，对增强军队战斗力有利。
崇祯正在做的，是重新加强已经被削弱到极点的五军都督府，进一步打压文官集团。
统一于文官的兵部不会对皇权构成威胁，但加强太过的五军都督府军将们，则会对朝廷造成直接影响。
因此可以说，现在崇祯手上的大明，基本建立了既能增强军队战斗力，又不妨害集权的军事领导体制。
当然这种领导体制并不完善，兵部和朝廷对前线指挥干预过多就是其中之一。
崇祯皇帝取消太监监军，再裁掉了大部分无用的总督，正是避免这种干预的手段。
在全国军队之上，将忠于皇权的禁军和京军设置为一整套体制的金字塔顶点，也是保证军权在手的方式。
