这几处城镇是战略防御的重点，为防御和阻击吴军，陆续增加兵员，多者也只有五千余人，平均每城不过四千余人。如无战事，常驻兵不超过三千人。以此推算，北方一般城防至多不会超过二千人，有的可能更少，也仅有千百人罢了。这些驻防兵不足以应付战事，仅够维持地方治安秩序而已。圣祖于初期尚注意北方防务，当他看清吴三桂无意北上，便放心大胆地倾注全部兵力于江南。如果吴国贵的方针得以实行，乘虚而入，就会给清朝一个出其不意的打击，清军再从南方各地北调追逐，势必疲于奔命，一时难以应战。仍在陕西活动的叛军余部及固守兴安、汉中的大股叛军、据有四川的吴之茂等就会立即配合。当清军从南方北调，就会解除或减轻它对据守的叛军的军事进攻。台湾郑氏军队再乘虚占据福建、广东沿海城镇，可能会乘机向内地扩展，必然牵制清军的部分力量。吴军水陆齐出，攻打清军措手不及，便有可能直下河南、河北地区。以当时吴兵力，如集结各处兵员，至少可达十万人以上，不会成为问题。吴国贵的战略，“剜中原之腹心”，断绝清朝赖以生存的东南漕运，更致清朝于险境。他认为即使不能统一全国，也可得黄河以南而自立一国政权。完成此举，并非一件易事，必以困兽之斗， “拼死决战”的精神，一往无前，方有成功的希望。
吴国贵的战略，既大胆，又冒险，而且不无实现的可能。看得出来，他是吴三桂营垒中一个颇有眼光、有胆有识的统帅人物。但此议没经慎重讨论，就轻易地被否决了。
吴三桂死后，迟至十月才发丧，胡国柱等用棉裹吴三桂遗体，秘密载往常德，由此载运回贵州、云南，颇为方便。
吴三桂孙吴世没有去衡州，只迎至贵阳，并在此即帝位，以贵阳府贡院为其行宫，定明年为“洪化”元年（康熙十八年），给其祖父上尊号“太祖高皇帝”，父吴应熊为“孝恭皇帝”。官制皆依吴三桂所定，对各将吏都有所封赏，以吴三桂所封大学士方光琛、新封国公郭壮图为腹心。吴三桂的侄、世的叔叔吴应期晋封楚王。经过一番明争暗夺，郭壮图的女儿嫁给吴世，被封为皇后。吴世召顾命大臣曹申吉等人赴云南，只有曹申吉听调应命，其余皆托故不到。吴世即位时就遇有不祥之兆。在胡国柱奉命筑坛代祭时，“阴风疾起”，灯烛皆灭。这一说法，不过是人们在吴军败后，追述前事，以此偶然现象来比喻吴必败而已。
吴三桂的死直接导致吴军的败亡，清军攻下湖南。同时，他们也发动了对四川的攻击。
四川号称天险，山峻谷深，道路阻断，进兵不易，出兵亦难。因此，圣祖将四川叛军暂且不理，先突破陕西与江西、福建两翼，然后倾全力突击湖南，待湖南全境将要恢复，就命将领率师入川。趁此清兵大胜、吴军败亡的有利形势，一举收复兴安、汉中，再深入川中，除个别地方遇到抵抗，所到即降。王屏藩等被迫自杀、吴之茂等被捉，四川一省全入清军掌握之中。清朝重新占有四川，给八旗兵进云南又提供了一大方便条件。于是，清兵从西南包抄云贵。
夺取云贵是清朝平叛的最后一战，清军分三路，赴向贵州。吴军将领死的死，降的降。昆明城也于半年之后陷落。
进城后，章泰、蔡毓荣、哈占、赵良栋等主要统帅举行会议，讨论如何处理吴世以下的骨干分子。议决：没收吴世家产，把他头割下，传送京师示众；将“首谋（反叛）献计”的方光琛和他的儿子方学潜、侄儿方学范立即于军前凌迟处死。接着，又制定了处理“逆藩”人员条例：凡助贼肆恶、事迫投降的高启隆、张国柱、巴养元、郑旺、李继业等人皆处斩，妻女财产没收入官。将王永清、江义等人凌迟处死，他们的亲属一律处斩。
吴三桂已死去三年多，朝廷仍不放过他。清军一进城，就搜查他的棺柩，准备戮尸示众。但查找多处，不得其真假，问吴三桂手下的至近人，也说不清楚。据有的书载，清军迫昆明时，吴世和他的岳父郭壮图为防万一，极其秘密地把吴三桂的尸骨改葬它处，此事只有吴世、郭壮图等极少数几个人知道，可是他们都死了，他人无法知道吴三桂的真尸骨埋在何处。清军已挖掘过吴三桂的坟墓，但都是伪墓。清军到处搜寻，甚至一天中竟挖得十三具尸骨。连清统帅们也无法辨真伪，下令用火都烧掉。据传，吴三桂的真骸骨埋在远离昆明的中缅边界铜壁关外。有的书记载，清军搜查吴三桂尸骨，毫无踪迹可寻。这时，吴三桂的一个侄儿出面说：吴三桂的尸骨已焚化，骨灰匣藏在安福园石桥水底戽水。清军照此挖掘，果然找到一骨灰匣。然后将吴世的头与吴三桂尸骨一并送到京师。康熙二十一年（1682年）正月十九日，议政王大臣会议做出决定：“逆贼吴三桂骸骨分发各省，吴世首级交与刑部悬挂示众。”另：将已押送京师的夏国相凌迟处死，巴养元等五人斩首示众。
彻底平息吴三桂发动的大规模的武装反抗斗争，从根本上消除“三藩”的隐患和威胁，国家重归一统，由大乱走向大治，大清江山从此得到巩固。圣祖和廷臣们都把这一件事，视为清建国史上特大盛事。京内外百官纷纷上表庆贺，行贺礼。圣祖则于康熙二十年（1681年）十二月二十日，“颁诏天下”，其文略曰：
朕缵承丕绪，统御寰区，仰惟天地眷佑之庥，祖宗付托之重，圣祖母太皇太后慈训之殷，蚤夜孜孜，勤求化理，期于兵革寝息，海宇辈安。不意逆贼吴三桂，负国深恩，倡为变乱，阴结奸党，同恶相援，抗违诏令，窃据疆土，滇、黔、闽、浙、楚、蜀、陇、两粤、豫章之间，所在驿骚，肆骋病毒。吴三桂僭称伪号，逆焰弥滋，负罪尤甚。
朕恭行天讨，分命六师，剿抚并施，德威互济，或絷颈于阙下，或骈戮于师中，擒扑诛除，以次收服。乃吴三桂即膺神殛（指三桂病敌），逆孙吴世助，犹复鸱张，据大诏之一隅，延残喘以拒命。朕惟贼患一日不除，则生民一日不靖，策励将士，屡趣师期。于是虎旅协心，进逼城下，贼众十穷势蹙，通软军门，约日献城，凶渠授首，师克之日，市牢不扰，边境晏如，捷书既至……神人胥悦，遐迩腾欢。
念自变乱以来，军民荼苦，如在水火，披坚执锐，卒岁靡宁，行齐居送，千里相望，被兵之地，既罹于锋刃，供忆之众，复困于征榆。朕悯恤民艰，不忍辄加额赋，间施权宜之令，用济征缮之需，意在除残，事非获已。而身处宫寝之内，外廑闾阎之依，中夜屡兴，旰食不暇，正焉思治，入载于兹。今群逆削平，疆圉底定，悉翦除历年之蟊贼，永消异日之隐忧，用是**涤烦苛，维新庶正，大沛宽和之泽……诞告天下，咸使闻知。
这是成功者的宣言书！而吴三桂的大败则是另一份历史的记录。
精锐点评：切忌自我失控
一个人心眼不能太小，小则看不到长远的利益，就会毁掉自己整个人生战术。世上有很多人却因此而失败，应当切记：控制不住自己的人，总有一天会丢失大局。
吴三桂一生从成到败，轨迹复杂。但关键的一点是他为红颜而怒，失去了理智，失去了对大小的分辨力，所以反戈一击，尽管暂时成全了利益，但又产生了新的问题，不得不去做出一些出人意料的人生抉择。实际上，吴三桂因冲动而做出的决定，是其一生越来越窄的开始，因此在他面前无出路而有绝路。
