帝国统治者为了称霸欧洲，多次入侵意大利，旷日持久的战争消耗了罗马帝国的实力。霍亨斯陶芬家族统治时期，中央权力衰落，国内各地缺乏经济联系，帝国成为承认皇帝最高权力的各封建公国和自由城市不巩固的联盟。1273年理查死后，因哈布斯堡的鲁道夫一世被一致承认而结束了大空位时期。
对于当时的德意志贵族而言，哈布斯堡的鲁道夫可谓理想的傀儡：空有辉煌的家世（腓特烈二世的教子、霍亨斯陶芬家族的母系血脉），却年老力弱（即位时55岁，当时哈布斯堡家族只在勃艮第有零散的领地）。
然而他们都低估了这位伏枥老骥的雄才大略：1276年，鲁道夫一世以违反小特权为由，向擅自吞并巴本堡领地的波希米亚国王奥托卡二世宣战，最终在两年后于杜恩克鲁特战役击杀对手，成功将地域广大的奥地利变成哈布斯堡家族的世袭领地，从而一跃成为与波希米亚不分伯仲的德意志强藩。此后，帝国皇冠就几乎一直在波希米亚国王（卢森堡家族）和奥地利大公（哈布斯堡家族）手中流转，直到哈布斯堡家族出身的波希米亚与匈牙利国王斐迪南一世从其兄长皇帝兼奥地利大公查理五世手中接过了帝国皇冠，同时兼任奥地利大公和波希米亚国王，奥地利哈布斯堡王朝及其分支哈布斯堡-洛林王朝，一直垄断着皇位直至帝国彻底解体。
然而这个时期即便是皇帝已经拥有了（相对于其他诸侯的）强大实力和广大的世袭领地，神圣罗马帝国的集权化依然是道阻且长：鲁道夫一世将奥地利纳入家族领地的行径遭到了封建贵族的一致反感，以至于其驾崩后，当选为罗马帝国皇帝的不是哈布斯堡家族的阿尔布雷希特，而是拿骚的阿道夫。控制了波希米亚、上萨克森、勃兰登堡等广大领土的查理四世所得到的，不过是颁布给他的金玺诏书和确认其诸侯的特权，给予他这些的目的只是防止对立皇帝的出现和内战的爆发。马克西米利安一世的帝国改革可谓走得最远，但也仅仅是通过帝国议会与封建军制的改革、帝国管区的设立，以此产生一个由贵族所治，为贵族所信服的中央政府。而这个脆弱的中央政府在后来的宗教改革中被搅得支离破碎。至于世界霸主查理五世，这个因为西班牙和勃艮第文化背景而始终得不到德意志贵族拥戴的虔诚天主教徒，最终深陷宗教纷争的泥潭，黯然让位于其胞弟斐迪南一世。
哈布斯堡帝国能够维系其帝国势力长达600余年，直至第一次世界大战奥匈帝国被解体而彻底灭亡，其中非常重要的手段就是利用婚姻，特别是政治联姻，最终实现了整个欧洲大部分国家的君主都有一定的亲戚关系。因此欧洲有一句格言：“让别人去打仗吧，你，幸福的奥地利，结婚去吧！战神马尔斯给别人的东西，爱神维纳斯会赐给你。”政治联姻曾一度让哈布斯堡的势力得以长久的维系。
他们认为自己的血统是高贵的，所以基本保持内部的通婚，而极少与其他外部的家族进行通婚。费迪南二世的儿子费迪南三世娶了西班牙哈布斯堡一支的堂妹玛丽亚·安娜（两人的高祖父是亲兄弟，玛丽亚·安娜是西班牙国王腓力三世的亲妹妹），儿子利奥波德一世继承皇位。他跟西班牙哈布斯堡的最后一位国王卡洛斯二世长得很像，他们既是亲的姑舅表兄弟，又是远房堂兄弟。利奥波德一世娶了表亲玛格丽特·特蕾莎，即西班牙卡洛斯二世的亲姐姐，玛格丽特·特蕾莎的继母奥地利的玛莉安娜是利奥波德一世的亲姐姐。也就是说，玛格丽特·特蕾莎的父亲，西班牙的腓力三世，是第二任妻子的亲舅舅，亲舅舅和亲外甥女的儿子就是西班牙一支的最后一位国王。利奥波德一世的两个儿子继承帝位后都没有留下男嗣，孙女玛利亚·特蕾莎与弗朗茨一世结婚，开始了哈布斯堡-洛林王朝。弗朗茨的祖母是上面提过的费迪南三世的女儿。
这些在现代人看来明显属于**的婚姻，在当时的哈布斯堡家族内部则属于理所当然的事情。近亲结婚的恶果逐渐得到显现，以至于哈布斯王朝的历史是一部疯癫与畸形的历史。这些都是导致哈布斯堡家族逐渐衰落的重要原因，直至王朝的终结。
哈布斯堡家族在18世纪失去了西班牙国王的宝座，从此开始走向衰落。那时，家族成员大多身体病弱畸形，于是他们开始与未通婚过的其他家族联姻。正因如此，目前许多欧洲家族拥有哈布斯堡血统。20世纪时，哈布斯堡家族的势力急速衰落。如今他们虽然仍是欧洲的显赫家族，但再也不能像以往一样操控政局了。
