亨利七世把长女玛格丽特嫁给了詹姆斯四世，两人所生的儿子詹姆斯五世及其后代便有了英格兰的王位继承权。詹姆斯五世于公元1542年去世，他的几个私生子无权继承王位，而在他去世前不久出生的女儿玛丽·斯图亚特继位为苏格兰国王。
公元1603年，英格兰女王伊丽莎白一世去世，因为她是童贞女王，一生未婚，没有子嗣，便由苏格兰玛丽女王的儿子詹姆斯六世继承英格兰王位。英国都铎王朝的世系终结，斯图亚特王朝的世系开始。苏格兰的詹姆斯六世便是英格兰的詹姆斯一世。英格兰与苏格兰拥有同一个君主，但两国的政府则独立运作，长期敌对的英格兰与苏格兰因此成为共主联邦。
在苏格兰出生长大的詹姆斯一世与英格兰议会和贵族的关系有点淡漠。他的儿子查理一世继位后引发了英国内战，最后被处死。苏格兰人拥立他的儿子查理二世为苏格兰国王。两年之后，掌握英格兰大权的克伦威尔成功地占领了苏格兰，并一度想合并英格兰、苏格兰和爱尔兰的议会，只是计划还未实现，他就死了。结果斯图亚特王朝复辟，查理二世和他的弟弟詹姆斯二世先后成为了英格兰和苏格兰共同的君主。
詹姆斯二世信仰天主教，而英格兰的国王自亨利八世以后都是新教徒，因此，詹姆斯二世的英格兰王位坐得并不安稳。1688年，英国议会和人民邀请信奉新教的詹姆斯的女儿玛丽及女婿荷兰执政威廉成为英格兰共同的国王，詹姆斯二世仓皇逃走，这便是“光荣革命”。在玛丽夫妇去世后，詹姆斯二世另一位信奉新教的女儿安妮成为英格兰和苏格兰共同的国王。同时，议会为了在安妮女王已经无嗣的情况下，消除詹姆斯二世的天主教后裔继位的可能性以及保证苏格兰不与法国结盟，使他们没有机会在英格兰背后捅刀子，于是确认了英格兰和苏格兰的下一任君主应当由来自德意志的汉诺威家族成员来担任。英格兰议会主张自己与苏格兰议会合并，确保苏格兰不另立新国王。安妮女王是在英格兰议会的支持下继位的，她对此没有异议。公元1707年，苏格兰和英格兰两国共同签署通过《合并法案》，苏格兰议会与英格兰议会合并为大不列颠议会，改称大不列颠联合王国，延续了800多年的苏格兰王国从此消失。
长久以来，苏格兰对与英格兰合并这件事一直都不怎么积极，却在18世纪初改变了主意，这主要是由于苏格兰当时的经济困境导致的。之前，苏格兰也像英格兰一样，在海外建立殖民地，并从海上贸易中获得大量财富，但它受到英格兰法律的限制，无法与英国的殖民地开展贸易，与英国进行贸易还要支付关税，经济发展陷于僵局。17世纪末，苏格兰也像英国的东印度公司一样，建立了贸易公司，组织了“达里安计划”，募集了全国将近五分之一的财富，试图在加勒比海建立自己的殖民地。然而这场几乎全部苏格兰家庭都参与的投资计划并不成熟，还受到英格兰和西班牙殖民力量的打压，结果计划失败，造成了巨大的损失。18世纪初，苏格兰认定只有与英格兰联合，共同殖民，利用英格兰广阔的贸易渠道，才能改变困境，于是支持安妮女王的建议，在法律上将英苏两国合二为一。虽然苏格兰民间仍有大量反对联合的呼声，不过与英格兰合并后的苏格兰，在经济发展上确实取得了长足的进步。英格兰和苏格兰的殖民者共同创造了“日不落帝国”，共同推动了工业革命和思想文化的发展。
在合并100多年后，苏格兰国内开始出现了要求独立的声音。苏格兰人认为，合并之后，自己并未获得和英格兰人平等的地位。1934年由约翰·麦考密克和道格拉斯·杨等人创立的苏格兰民族党便是其中的代表。20世纪70年代末，在北海地区发现大量的石油，一些苏格兰人认为这是上天赋予苏格兰的财富，不应该与英格兰共享。在多种动机的影响下，苏格兰在1979年举行了是否脱离英国的全民公投。因为没有达到法定人数，这次公投被宣布无效。1997年，苏格兰举行了关于成立苏格兰议会的第二次全民公投，公投通过，让苏格兰人成功获得了内政自治权，重新组织了苏格兰议会。这次公投的成功，还刺激了苏格兰民族党的发展壮大。在2011年的苏格兰议会大选中，苏格兰民族党最终成为执政党，开始推动苏格兰独立公投。2014年9月18日，苏格兰举行独立公投，55.8%的选民投了反对票，苏格兰继续作为英国的一部分存在。然而，苏格兰国内要求独立的势力并未屈服，他们继续推动苏格兰独立运动的发展。
总体来说，英格兰与苏格兰一千多年来一直是一种相爱相杀的关系。所谓“天下大势，分久必合，合久必分”，这一点用在英格兰和苏格兰之间的关系上，是非常贴切的。
