1456年，亨利六世和王后玛格丽特巡视到英格兰中部，他们在那里很受欢迎，但是在伦敦反而不受欢迎，于是王后不允许亨利六世返回。他们在考文垂建立了新的朝廷。王后对约克公爵理查心怀忌惮，便重用埃德蒙·博福特的儿子——亨利·博福特，进而和白玫瑰家族对抗。不久，玛格丽特再次集结军队向约克家族的领地威尔士边境的勒德洛进发，这一次，约克家族的势力被击败，约克公爵逃到了爱尔兰。
1460年，约克家族在加来的军队卷土重来，并在北安普顿击败了王家的军队，俘虏了亨利六世。约克公爵理查这次没有客气，想要直接取代亨利为王。但是贵族们不同意，包括索尔兹伯里伯爵和他的儿子沃里克伯爵，他们当时还没有废黜亨利六世的打算。最后，他们达成妥协：亨利继续担任国王，约克公爵理查被任命为摄政者，可以以亨利的名义实行统治，还是亨利王位的继承人。
这剥夺了亨利六世和王后玛格丽特之子爱德华的继承权，他们不同意这项调解，便逃到了苏格兰境内的贝里克，重新组织军队。1460年12月底，双方在韦克菲尔德决战。理查准备不足，仓促应战，人数又处于劣势——理查9000人，玛格丽特约1.8万人。约克家族的军队惨败，理查在战斗中被杀，他的首级被挂在约克城门上示众，头上还戴了一顶纸王冠作为讽刺。
理查19岁的长子爱德华幸免于难，他于1461年2月26日进入伦敦。3月4日，他在“立王者”沃里克伯爵和伦敦上层市民的支持下自立为王，称爱德华四世。他知道玛格丽特绝不会善罢甘休，便决定先下手为强，召集一支军队去征讨玛格丽特。3月29日，双方在约克城附近展开决战。兰开斯特家族的军队有2.2万人，远远超过了约克家族的军队。因为天时对兰开斯特家族的军队不利，所以虽然他们在人数上占有优势，但最终还是被约克家族的军队击溃。玛格丽特带着亨利六世和少数随从仓皇逃到苏格兰。
1465年，亨利六世再次被俘，被囚禁在了伦敦塔中，玛格丽特只好带着年幼的王子逃到了法国。
玫瑰战争中几次大的战役，让交战双方的损失在5.5万人以上，半数贵族和接近全部的封建诸侯都战死了。
1470年，亨利六世被以前的敌人沃里克伯爵从伦敦塔内放出。沃里克伯爵请求亨利六世宽恕，亨利六世答应既往不咎，结果亨利六世在沃里克的帮助下复辟了。虽然如此，亨利不过是个傀儡，沃里克才是大权操纵者。沃里克因为得到法国国王路易十一的支持而向勃艮第公爵大胆的查理宣战，激怒了大胆的查理，而大胆的查理的第二个妻子恰是爱德华四世的妹妹。在大胆的查理的支持下，1471年3月，爱德华四世重新在约克郡登陆，迅速打败了沃里克，进入伦敦。亨利六世再次落入爱德华四世的手中。复活节当天，沃里克的军队在巴内特战役中被击溃，沃里克被杀。王后玛格丽特虽然再次登陆，但在丢克斯伯里战役中被打败，王子威斯敏斯特的爱德华战死，玛格丽特被俘后关在了伦敦塔。兰开斯特家族几乎被诛杀殆尽，只剩下远亲里士满伯爵亨利。不久，亨利六世在伦敦塔内被杀掉，兰开斯特王朝被约克王朝所取代。
1471—1483年，英国恢复了和平，爱德华四世残暴地惩治了不顺从的大贵族。1483年4月，爱德华四世去世。爱德华四世让自己12岁的儿子爱德华五世即位，让爱德华五世的弟弟——9岁的理查王子为第二顺位的继承人，还任命自己的弟弟格洛斯特公爵理查为摄政者。但是这位摄政者违背国王的遗嘱，自己继承了王位，加冕为理查三世。两位小王子在伦敦塔中神秘地消失，人们都认为两位小王子是被他们的叔叔秘密杀害的。
1485年，英王理查三世加强权力的措施引起了大贵族们的不满。这时，亨利六世的弟媳玛格丽特·博福特郡主将不满现状的约克王朝支持者争取过来，让他们支持自己的儿子亨利·都铎。理查三世的政敌，纷纷投靠流亡法国的亨利·都铎。许多人提议并赞成约克家族的伊丽莎白（爱德华四世之女）与亨利·都铎结婚。他们把这当成是结束约克家族和兰开斯特家族争斗的一种手段。
当理查三世企图在法国绑架亨利的阴谋失败后，亨利·都铎在英国的追随者就更多了，亨利·都铎趁机宣布自己是兰开斯特家族的王位继承人。
1485年8月，亨利·都铎在法国国王查理八世的帮助下，带领他的追随者以及2000名法国雇佣兵在米尔福德港附近的米尔贝登陆。一路顺利推进，最后，亨利·都铎与理查三世在英格兰中部的博斯沃斯决战。由于理查三世的大将托马斯·斯坦利勋爵和诺森伯兰伯爵按兵不动，斯坦利勋爵的弟弟威廉·斯坦利爵士更是率3000人反戈一击，约克家族的军队被彻底击退，理查三世头戴王冠冲入敌阵，战斗至死。他的王冠在战斗中跌落到树丛中，被托马斯·斯坦利勋爵找到，他把王冠戴到了亨利·都铎的头上。
亨利·都铎正式即位为英国国王，就是亨利七世，他开创了都铎王朝的统治。
在这次战争中，兰开斯特家族和约克家族几乎同归于尽，大批封建贵族在自相残杀中或阵亡或被处决。新兴贵族和资产阶级的力量在战争中迅速增长，并成为了都铎王朝建立君主专制制度的支柱。恩格斯说：“英国由于玫瑰战争消灭了上层贵族而统一起来了。”这对英国历史的发展来说，反而是一件幸事。
