实际上，这件事可比萨摩藩武士斩杀英国商人严重多了，毕竟理查德森只是一介平民，而且当时只死了一个人。而此次，土佐武士一口气杀死了十一名法国士兵，几乎等于直接向法国宣战。法国政府本来就对明治政府持不友好的态度，现在终于有机会公开找碴儿了，法国公使在神户外国人墓地发誓要严惩肇事者。于是，法国联合欧洲一些国家，提出“明治政府谢罪、赔偿十五万鹰洋（一种墨西哥银元）、当着法国人的面处决凶手、开放大阪地区港口、撤走驻扎的土佐藩兵”五个条件。尽管当时明治政府已经在内战中取得了决定性的胜利，但德川幕府的势力还未完全被消灭，内战还在继续，因此，明治政府无力对抗如此多的西方国家，遂全盘答应了法国的要求。
1868年3月16日，在堺市的一座日莲宗寺院妙国寺的本堂，参与杀害法兵事件的二十名藩兵在法国军舰Dupleix号船长贝尔加斯·杜·珀蒂·图阿尔斯（BergasseduPetit–ftouars）和该舰一众官兵，以及法国和明治政府外交官员的见证下，接受公开处决。因其全部要求都得到了满足，法国人越发趾高气扬，希望把这次处决弄成一次彰显正义和西方人威严的公审大会，但事情的走向很快变得诡异起来。
Dupleix号的舰长贝尔加斯·杜·珀蒂·图阿尔斯
明治政府所谓的“公开处决”实际上是责令这二十名藩兵以武士的方式切腹自杀。在日本传统中，切腹被认为是有尊严的体面死法，更何况这二十人根本不认为自己的行为有错，反而认为自己是护国英雄。因此，当这二十人身穿黑色和服雄赳赳地进入刑场并以凛然的目光傲视法国官兵的时候，法国人相当不爽，巴不得他们快点儿死掉。
一场典型的切腹仪式
第一个受死的是藩兵的队长箕浦猪之吉元章（殁年25岁）。他按照切腹的礼仪先在白纸上写下辞世诗，然后对着在座的法国官兵怒吼道：“你们听好了，（我）今日并非为尔等夷人而死，而是为皇国而死，让尔等见识下日本男儿的魂魄！”说罢，他先持胁差刺入左腹，随后横着拉向右侧，然后拔刀再行刺入，从上向下拉开一刀，形成一个十字形的伤口。突然，他猛地将手从伤口处伸入腹（日本人认为灵魂在肚腹之中）中，拽出自己的肠子，准备投掷法国人。法国人见此骇人景象大惊失色。介错人（为切腹者斩首之人）见状，深恐他惹下更大的祸患，随即一刀斩向他，却未能斩断其颈椎，箕浦大叫道：“没死，再来一下！”介错人直到第三刀才完全把他的头颅斩下，结束了这恐怖的一幕。法国官员和军人在震惊之余面面相觑，这和他们设想的场面大相径庭，但也只能硬着头皮看下去。
随后出场的是西村左平次（殁年24岁）。这些武士把处决大会当作了表达自己爱国豪情的舞台，争相表现其英勇赴死的无畏豪情，场面变得越来越血腥、残酷。在旁监督执刑处决的明治政府官员都感动得流下了眼泪，并以怨恨的目光注视着法国官兵。法国人也越发对这场面感到不适，渐渐地有些坐不住了。紧接着接受处决的是池上弥三吉和大石甚吉，然后是山本义长和胜贺稠迅，到第十二个人桥诘爱平准备切腹的时候，法国人终于忍受不了这惨烈血腥的画面了，面色惨白的法国舰长贝尔加斯·杜·珀蒂·图阿尔斯，这位克里米亚战争中的英雄，一言不发地带领随行人员离开了弥漫着诡异和恐怖气息的处决现场。
因为失去了见证人，这场处决暂时中止。明治政府向法国政府表示，如果法国政府同意，还可以另选时间继续进行。法国政府则向明治政府表示，出于人道主义的考虑，他们认为一命抵一命（法国士兵也死了十一人）已经足以伸张正义了，并建议将剩下的九名武士改为流放。因此，在妙国寺本堂自尽的武士只有十一人，被称作“堺市十一死士”。
这十一个人就埋葬在他们的自尽之地妙国寺，该墓地在“二战”期间被日本军国主义当作宣传工具，从而成为一个“圣地”，战后成了旅游景点。墓地里实际上埋葬了十二个人，多出的那一位就是那个命大的桥诘爱平。没能混成护国忠魂让他感到非常遗憾，他曾咬舌自尽结果又没死成，53岁去世后，后人将他葬在了十一死士的墓地里，终于了却了他的夙愿。
日本作家森鸥外著有以该事件为背景的短篇小说《堺事件》，因有宣扬日本军国主义和武士道精神的嫌疑，至今未有中译版。
堺市十一死士的处决地——堺市妙国寺本堂
堺市十一死士的墓地和供奉塔（上书有“呜呼殉难十一烈士，忠魂义魄长留此冢”等字样）
