本年，郑玄自徐州返乡（青州北海国高密县），途遇黄巾军，黄巾军听闻郑玄大名，沿途跪拜两旁，约定不去侵略高密县。
建安五年（200年），曹操与袁绍相持于官渡，汝南黄巾刘辟叛曹应袁，袁绍使刘备助其攻打许都，曹操则派曹仁讨平之。
建安七年（202年），吴郡太守、行扶义将军（孙权置）朱治，讨伐黄巾余党陈败、万秉等人。
陈志《朱治传》：（朱治）征讨夷越，佐定东南，禽截黄巾余类陈败、万秉等。
自孙权掌权，扬州各地多有黄巾作乱，长史张昭率军讨平之；会稽郡官吏留赞与黄巾军作战，阵斩渠帅吴桓。
陈志《张昭传》裴注引《吴书》：（孙）权每出征，留（张）昭镇守，领幕府事。后黄巾贼起，昭讨平之。
陈志《孙峻传》裴注引《吴书》：留赞字正明，会稽长山人。少为郡吏，与黄巾贼帅吴桓战，手斩得桓。
建安八年（203年），曹操部将乐进讨伐青州乐安黄巾，定乐安郡。
建安十二年（207年）十月，济南、乐安黄巾徐和、司马俱等攻克郡县，杀害济南王刘赟。朝廷（曹操）令典军校尉夏侯渊督泰山（太守吕虔）、齐、平原三郡【建安十一年（206年），朝廷（曹操）废八郡国，齐国、平原国名列其中，故本年称郡。】讨平之，屯兵徐州东海国的威虏将军臧霸亦有战功，战后领徐州刺史。
自此，汉末史书再无黄巾起事。
