一旦某种急性新发病毒（例如，某种新的流感毒株）成功扎根人群，通常就会进入一种周期性流行模式。在流行期间，许多易感人群会受到感染，然后对进一步的攻击产生免疫力。当大部分人产生免疫力后，病毒会离开，直至出现其他易感人群时才会卷土重来。新出现的易感人群通常在上一场流行之后出生。在普及疫苗前，幼儿中广泛存在着多种传染病，统称为“儿童传染病”。这类疾病均由病毒引起，包括麻疹、腮腺炎、风疹和水痘。其中仅有水痘依然普遍存在于如今的西方国家。
若要探寻人类于何时遭遇了首次急性儿童传染病以及相关情况，则须回溯至约1万年前的农业革命时期。这场革命始于新月沃地（幼发拉底河和底格里斯河之间的地区，即如今的伊朗和伊拉克一带），并迅速传播至毗邻的地区。我们祖先的生活方式自此发生了巨大改变，其身份也从游牧式的狩猎采集者转换为生活在固定群落中的农民。这种变化同样对感染我们祖先的微生物产生了巨大影响。在此之后的一段时间，各种严重（并且往往致命）的传染病层出不穷，形成了多场流行，包括我们现在所知的许多急性儿童疾病。
人类生活方式的改变与这些传染病的暴发存在直接关联。当拥挤的村庄和狭小的永久性住所取代了临时营垒后，浮游菌入侵宿主的途径随之增加；当以不卫生的方式储存曾经需要每日采收的食物和水后，肠道感染型微生物实现粪口传播的可能性也随之提高。“新型”微生物侵入早期农民体内的主要原因，在于这些农民与其新近驯养的动物存在密切接触。每只驯养动物都相当于一座微生物乐园，有些农民甚至与它们共处一室。
正如第1章所述，分子钟技术表明与天花病毒关系最紧密的是骆驼痘病毒和沙鼠痘病毒，而不是之前认为的牛痘病毒。科学家们认为，啮齿动物痘病毒可能早在农耕时代初期就传播给了人类和骆驼，这一事件估计发生在5000～10000年前。与之相对的是，麻疹病毒的近亲是牛瘟病毒，科学家们通过计算发现这两种病毒在2000多年前由同一个祖先分化而来。由此可见，人类在农耕时代早期就感染了上述微生物以及许多来自其他动物的微生物。
最初的每场流行均以病毒从动物宿主转移至人类宿主为开端，直至人群中最易感的人群被感染结束。后来，这些“新型”病毒沿村庄、城镇和国家间贸易环节的扩大继续传播，形成了规模更大、范围更广的流行病。
根据科学家对冰岛、格陵兰、斐济和夏威夷等规模不等的岛屿上的麻疹暴发研究，人口达到50万左右就足以支持麻疹病毒在社区中持续传播，其他经空气传播的病毒很可能也需要相似的人口规模才能形成社区传播。公元前5000年左右，“新月沃地”出现了首座具有这一规模的城镇，而麻疹病毒这类病毒自此即可切断与其动物宿主的关联，彻底成为人类的病原体。
病毒可通过多种途径在宿主间传播，但会引起急性流行的病毒通常会采用一些快速高效的方法，例如空气传播或粪口传播。工业化国家的人们往往居住在拥挤的城镇和城市中，所以空气传播是最有效的传播方式，但在非工业化国家，特别是卫生标准较低的国家，粪口传播是最高效的传播方式。
一般而言，病毒感染的区别，在于它们影响的器官不同。空气传播的病毒主要引起呼吸道疾病，如流感、普通感冒或肺炎；而经粪口传播的病毒则会引起肠道不适，伴恶心、呕吐和腹泻。能在人类中引发流行的病毒多如恒河之沙，但仅有少数会导致儿童罹患独特的疾病，如麻疹、腮腺炎、水痘以及最近发现的天花。
