皮肤的单纯疱疹病毒感染很快会引起免疫细胞的注意，病变部位也会迅速愈合，但在此之前，已经有部分病毒粒子悄无声息地感染了皮肤中的神经末梢，并沿着神经纤维爬行至细胞核，然后潜伏在细胞核中。面部感染的单纯疱疹病毒（主要是单纯疱疹病毒1型）潜伏在颅底三叉神经节，而**病变处的病毒（主要是单纯疱疹病毒2型）则沿着下脊柱进攻骶神经节。因为神经细胞将伴随宿主一生且不分裂，所以它们是供病毒暂时躲避的理想场所。但为了保证长期生存，病毒必须在某个阶段醒来并继续传播。因此，宿主体内不时会产生新的病毒，并沿着神经纤维向下传播，进入唾液或生殖道分泌物。这种再活化可能不会表现出任何症状，也可能表现为嘴唇或周围的面部唇疱疹。大约40%的单纯疱疹病毒1型携带者会出现面部唇疱疹，而60%的单纯疱疹病毒2型携带者表现为**疱疹。个体携带者体内单纯疱疹病毒再活化的触发因素通常清晰可辨：药物、疾病、发热、紫外线强度升高（例如某场滑雪旅行）、生理期和压力引起免疫力下降，但相关分子机制尚不明确。
第6章将水痘作为一种极为常见的儿童急性感染进行了探讨，但从疱疹病毒的角度而言，几乎所有水痘带状疱疹病毒的感染者均表现为潜伏性感染。水痘带状疱疹病毒与单纯疱疹病毒一样选择隐藏在神经细胞中，但因为水痘皮疹几乎遍布全身，所以病毒可能寄宿在与任意或所有分布在皮肤中的神经相关联的脊神经节中。
潜伏性水痘带状疱疹病毒可在宿主一生中的任何时候再活化并导致带状疱疹，老年人尤其容易发生这种情况。再活化通常发生在某一个神经细胞中，并沿着特定神经的路线引发典型的疼痛性小水疱样带状疱疹。传染性病毒会从上述病变部位向周围传播，所以从未感染该病毒的个体可能会因此染上水痘。不过带状疱疹并非由带状疱疹或水痘患者传染而来，而是体内潜伏病毒再活化的结果。
与单纯疱疹病毒相似，人类尚未明确水痘带状疱疹病毒再活化的分子机制，也未能解开其常发于眼部、颈部和躯干处神经的谜题，但水痘带状疱疹病毒在免疫抑制患者体内更易发生再活化，包括艾滋病病毒感染者、器官移植受体或正在接受化疗的患者，这一点也类似于单纯疱疹病毒。在上述群体中，皮疹可能引起严重、广泛甚至危及生命的后果，但是可通过数种抗病毒剂（例如阿昔洛韦）进行有效治疗（见第9章）。
在三种人类β疱疹病毒中，仅巨细胞病毒会导致严重的健康问题。尽管这种病毒在大部分人中表现为隐性感染，但偶尔会引起原发感染患者出现类腺热疾病。但更重要的是，在极少数情况下，孕妇血液中的病毒可能穿过胎盘并感染未出生的胎儿。如发生这种情况，大约10%的被感染婴儿会罹患巨细胞包涵体病，并引起一系列症状，包括发育迟缓、耳聋、凝血异常以及肝、肺、心和脑部发炎。
巨细胞病毒潜伏在骨髓干细胞中，而骨髓干细胞会发育成血液单核细胞和组织巨噬细胞。这些细胞通过血液将潜伏病毒传送至组织，而病毒通常会在这些组织中再活化。健康宿主的免疫系统能应对这些病毒，避免引发疾病，但在免疫抑制患者体内复制的巨细胞病毒会表现出明显的病理迹象。许多艾滋病病毒感染者曾因感染了巨细胞病毒而遭遇失明、严重腹泻、肺炎和脑炎，直到20世纪90年代初人们方才研制出有效的抗病毒药。
人类γ疱疹病毒有两种，即EB病毒和卡波西肉瘤疱疹病毒。它们都是肿瘤病毒，详见第8章。尽管卡波西肉瘤疱疹病毒看似不会引起原发感染问题，但EB病毒有可能引起腺热——也被称为传染性单核细胞增多症。
幼童通常会受到EB病毒的隐性感染，这种感染模式可能普遍存在于人类祖先之间。但随着发达国家开始采用现代卫生措施，这种感染可能会推迟到青春期或成年早期。感染推迟后，会导致约四分之一的感染者患上腺热。这就导致，在发展中国家及发达国家低收入群体中的EB病毒感染，主要为发生在儿童期的隐性感染，而腺热则更常见于发达国家的高收入群体中。在这样的情况下，高中生和大学生中时常出现腺热患者，英国的某项研究表明，每年估计约有1/1000的大学生会受到腺热影响。
EB病毒会感染并潜伏在血液中的B细胞中，或许因为这些细胞本身就是免疫系统的一部分，所以在感染EB病毒后会激发T细胞的过度应答。就其本质而言，腺热症状（通常包括咽痛、发热、颈部腺体肿大和疲劳）属于由大量连续产生的T细胞引起的免疫病理反应，而非病毒感染本身直接导致的。这种疾病通常会在10～14天内痊愈，但疲劳状态可能持续6个月，有时这会严重干扰患者的生活。
在极少数情况下，EB病毒会引起肿瘤（见第8章）。它还被视为其他几种疾病的病因，特别是类风湿性关节炎和多发性硬化等自身免疫病（见第10章）。
