病毒与宿主免疫系统之间的斗争是一场持久战。在被强大的宿主防御系统消灭前，大多数病毒只能在短暂的机遇窗口期内繁殖并匆匆传播。但有部分病毒进化出了战胜这些免疫机制的策略，从而在宿主体内长期存活，甚至停留终生。尽管这些规避策略涉及的详细机制复杂多变，但总体而言，它们包含三项基本策略：找到躲避免疫攻击的庇护所；操纵免疫过程，使其有利于病毒；快速变异，击败免疫防御。
因为危及生命的疾病在伤害宿主的同时也会使病毒失去宿主，所以大部分持久性病毒进化成了仅引起轻微感染甚至无症状感染的病毒。事实上，有些病毒显然不会造成任何不良反应，除非偶然被发现，否则难以察觉。这种病毒包括TT病毒（TTV），它是人们为寻找肝炎病因而在1997年首次从患者体内分离出的微小的DNA病毒，所以以该患者的姓名首字母“TT”命名。据我们所知，TT病毒及相关的类TT病毒等微小病毒，代表了几乎全人类、非人灵长类动物和其他各种脊椎动物携带的所有类似病毒，但至今尚未发现它们与任何疾病之间的关联。通过高度敏感的现代分子技术来鉴定非致病性病毒，我们有望在未来发现更多这种“沉默的旅客”。
病毒在宿主体内存活的时间各不相同。疱疹病毒会建立一种对宿主无害的终身关系；逆转录病毒通常会使宿主受到终身感染，但像艾滋病病毒一样，它们会在一段较长的沉默期后导致感染者发病；乙型肝炎病毒等其他病毒则会尽力规避免疫应答，而相当一部分宿主最终能够清除此类病毒。此外，有一些病毒在原发感染后会被清除，只有极少情况下无法被彻底清除。例如，麻疹病毒在引发急性感染后，可能出于未知原因持续存在并导致一种致命的脑部疾病，即亚急性硬化性全脑炎，其发病率约为每万人1例。
因为宿主细胞内终生存在外源性（病毒）基因，所以持久性病毒偶尔会使其寄居的细胞生长失控，即成为癌细胞。这类病毒包括人类嗜T淋巴细胞病毒、乙型和丙型肝炎病毒、EB病毒、卡波西肉瘤相关病毒以及**状瘤病毒。第8章将介绍这些癌症的演变机制。
