詹纳时代围绕天花疫苗展开的伦理之争已经远去，但并未消失。有些宗教依然拒绝疫苗接种，但现在还涌现出其他重大问题。
其中之一为“卫生假说”，该理论被用于解释为何最近西方各国的自身免疫病和过敏性疾病病例增加。这两类疾病均由免疫应答失衡引起。卫生假说将其归咎于疫苗接种导致儿童缺乏感染，以及现代世界卫生标准过高和抗生素滥用。这些因素均会减少儿童时期的抗原刺激，使儿童的免疫系统容易受到异常应答的影响。该领域的研究正在进行中，但截至本文撰写之时，该假说尚未提出具体的证据。
无论多安全的疫苗，也无法杜绝所有潜在的副作用。随着疫苗在预防传染病的过程中一路高歌猛进，相关死亡率也会继续下降，最终，疫苗本身的副作用可能会超过其预防的疾病。尽管每100万例天花疫苗接种者仅有1～2名死亡，风险极低，但随着天花根除计划的实施，在病毒被逐出地球后，接种者的死亡风险必然会大过未接种者。尽管如此，在确保病毒被根除前，继续接种疫苗的工作依然非常重要。全球目前还在推进麻疹根除计划，而且发达国家也罕有麻疹感染。有些人可能会认为不接种疫苗更安全，因为每使用100万份疫苗就会出现1例与疫苗相关的脑炎。但若质疑疫苗的人数增多，使疫苗接种覆盖率低于80%的临界水平，则麻疹疫情将卷土重来，并且不可避免地造成死亡。
1998年，医学杂志《柳叶刀》刊载的一份报告认为接种麻疹疫苗会导致儿童孤独症，而后英国就发生了这种情况。当该信息引起公众关注后，麻疹疫苗接种人数随之下降。尽管有人驳斥了这一观点，并且这种关联性并未得到证明，但直到12年后，撰写该报告的资深作者才被认定犯有不诚实和藐视道德规范的罪行，并将其从英国医师注册名录中除名。麻疹病毒在此期间不但恢复了元气，还多次引起流行，造成疾病和死亡。
这种种原因使得人们始终在寻找更安全的疫苗。始于20世纪60年代的分子革命预示着新一代的重组亚单位病毒疫苗的来临。通过揭示病毒的分子结构，人们可在实验室中鉴别激发保护性免疫所需的关键病毒蛋白（亚单位），并将其制成疫苗。抗乙型肝炎病毒疫苗是首个投入使用的新型重组疫苗。乙型肝炎病毒的表面抗原经鉴定为关键蛋白后，人们通过实验室的酵母细胞大量克隆和生产其表面抗原。通过动物实验证明该疫苗安全和有效后，它随即取代了早期产品（从持久性感染个体的血液中纯化乙型肝炎病毒的表面抗原而制成）。早期疫苗也可能造成血源性感染，如艾滋病病毒和丙型肝炎病毒。最近获批预防致癌人**状瘤病毒16型和18型的疫苗也是一款源于实验室的类似产品，该疫苗的有效成分主要是病毒的外壳蛋白。这些人**状瘤病毒蛋白分子被装配为中空且非传染性的“病毒样粒子”。这些粒子在动物模型中具有安全性，并能预防人**状瘤病毒诱导的癌症发展。
其他使用重组疫苗的现代发明即所谓的裸DNA疫苗，其中，编码关键病毒蛋白的DNA须直接注射，或者嵌入无害病毒的基因组再送入体内。这种病毒被称为载体，当它感染人类或动物细胞时，它会表达关键的“外源”基因以及自身基因，以产生宿主免疫应答。以这种方式生产的疫苗尚未获批用于人体，但使用腺病毒作为载体的重组艾滋病病毒疫苗已进行了临床试验。
尽管已有多种疫苗生产方法，但依然缺乏应对多种病原性病毒的疫苗，包括最近才获得资金进行研究的大部分新发病毒（见第5章）。对其他病毒的疫苗研发须克服重重困难，例如作为儿童杀手的呼吸道合胞病毒，我们可以从艾滋病病毒疫苗研发的一次次失败中窥见一斑。
