天地桥一战后，鸣人们继续追踪大蛇丸一众，却得悉佐井背叛了他们。此时大和的木分身已查出大蛇丸巢穴的所在地，鸣人们便决定深入虎穴。他们先找到佐井，并将其困绑起来；佐井问鸣人为什麼执著於要拯救佐助，鸣人却说这是因为他与佐助之间，有著兄弟般的羁绊。佐井为其所动，想亲眼看看羁绊的意义，终弃暗投明，并反过来合力把刚到的药师兜制服。鸣人与佐井冰释成嫌，组队在大蛇丸巢穴内寻找佐助的下落。不料却又遇上大蛇丸，于是鸣人让佐井先往寻佐助，自己则应付大蛇丸。及后樱及大和前来助阵，大蛇丸又再遁去无踪。鸣人们从佐井临走时遗下的秘策中，赫然发现原来佐井此行目的，是要暗杀佐助，不禁又忧心起来。突然一声巨响，引起鸣人们的注意，并急步赶往现场，只见佐井正呆站著。忽又传来一把熟悉的声音，只见爆炸后地面上站著一个人，正是佐助！！重遇佐助，鸣人首先是表现兴奋，但佐助冷漠硎值拿艚萑闯龊跻饬现外。佐助称要把鸣人杀掉，以斩断彼此间的羁绊；又道出刚才佐井说要替鸣人带他回木叶之事。奇妙的是，大蛇丸及兜此度又再出现，竟阻止佐助杀鸣人他们，目的是要留下能铲除晓的力量。佐助不再执著，跟著大蛇丸离去……救回佐助的目标再度失败，但却得到了真心的伙伴佐井……
飞段、角都篇
鸣人重新投入训练，并得到卡卡西及大和的指点。鸣人得知自己的能力属于风属性，为加快训练效果，他以多重影分身术进行修行，并前往同有风属性的猿飞阿斯玛处寻求指点。后阿斯玛对上晓的飞段、角都，战败阵亡，第十班意欲报仇，卡卡西暂时把修行之事交给大和处理、而自己负责照顾第十班。后卡卡西所率的第十班与飞段、角都陷入苦战，幸亏大和及时率领鸣人、佐井、樱三人赶到，加入战团，鸣人更与大和一起使出风水混合术飓风水涡之术，抵消角都的风火混合攻击。鸣人以新术风遁·螺旋手里剑攻击角都，但第一次失败了。卡卡西认为应对角都进行围攻方妥当，但凭著鸣人要超越四代火影的决心，卡卡西让鸣人作第二次攻击。鸣人亦不负所托，以影分身成功欺骗角都，并从其背后施以风遁·螺旋手里剑，给予绝命一击；角都倒在地上动弹不得，由卡卡西了结其生命。鹿丸亦把飞段击败后，众人又回到木叶忍村……
宇智波佐助追捕篇
为了得知晓的情报，及追寻佐助的下落，木叶决定锁定以宇智波鼬为目标的追捕计划，而鸣人的大和班和卡卡西新领的第八班一起联手行动。途中鸣人的影分身曾一度遇上宇智波鼬，鼬当时亦有话希望跟鸣人说，可惜却因为鸣人的冲动打断了话题。但鼬临走前却赋予了鸣人神秘的力量，并说在必要时才用此力量等等。后众人对上了晓的宇智波班，鸣人的螺旋丸、志乃的虫玉及牙的通牙之术均对其无效；就在此时，晓的绝前来汇报佐助与鼬的战果，佐助的胜利及战后受重创使鸣人感惊愕及担心，并曾指骂绝是芦荟、要他说出佐助在那里。收到情报的班不再恋战，及绝一起前往战场把鼬的尸体及佐助带走。鸣人们急步追赶，虽找出战场位置，但早已人去楼空了……
本篇
再次寻找佐助的踪影失败后，回到木叶，却惊闻自来也被佩恩杀害的恶噩。为此曾一度悲伤的他，因为伊鲁卡老师和鹿丸的鼓励，而再度重新振作起来，并协助解开自来也临终前留下的暗号；可惜的是仍然没有头绪。为了替自来也报仇，他决定接受深作大人的提议，前往自来也曾修行的妙木山，作艰苦的仙术训练。训练期间，鸣人险变青蛙，幸得深作大人用术阻止，不过呜人却整身是伤。经过一番修行，鸣人总算是基本掌握了自然力量，故深作大人建议转为不用蛤蟆油的练习，同时也给了鸣人自来也的遗作──百鍊忍传。
