跟随自来也在外训练二年后，鸣人回归木叶。此时的他在体格及心智已较二年前成熟。当得悉一众友人已成为上忍或中忍，而我爱罗更是成为风影时，鸣人并不气馁，反而被激励起来。后来来自晓的两名不速之客夜袭砂隐村，我爱罗因为要顾及砂忍村的居民而被迪达拉用计击败，勘九郎欲救弟亦身中剧毒，砂隐村陷入混乱当中。得悉我爱罗被抓，同样作为人柱力的他决心要前往拯救，正因鸣人非常了解我爱罗身处孤独的痛苦。从前他亦尝试过孤单的滋味，但现在已经有了自己的伙伴；相反我爱罗虽为风影，依然受尽村人的偏见与冷落。他非要把我爱罗从孤单及危机中拯救出来不可！鸣人的决心，还打动了砂隐村内已退隐的元老－千代婆婆的心，决意复出，协助鸣人救回我爱罗。后到达晓聚会的地点，但为时已晚，我爱罗已被抽出尾兽力量而死亡。鸣人欲夺回我爱罗的身躯，因而被曾袭击砂隐村的其中一名晓成员－迪达拉所挑衅。卡卡西不安心，故随鸣人同去，并劝鸣人要冷静下来，从详计议。鸣人配合卡卡西，由卡卡西使出万花筒写轮眼击伤迪达拉，再由鸣人击落迪达拉所乘的巨鸟，取回我爱罗的身躯。后来证实我爱罗己死，鸣人激动的变化成妖狐，攻击迪达拉。卡卡西见状，立刻用自来也所说的方法把鸣人制住。迪达拉被木叶的第三班及第七班围攻，迫虎跳墙下使出自爆方式，似要同归与尽，幸被卡卡西转移到另一空间……战斗结束，草原上躺著我爱罗的尸首，鸣人所表现的真摰友情，感动了千代婆婆，甘心牺牲自己的性命令我爱罗复活。我爱罗回归，砂隐村的民众夹道欢迎，我爱罗第一次感到被其他人肯定的滋味。故鸣人们准备回归时，我爱罗心存感激；双方的握手，代表著永恒的友谊……
天地桥之战
从晓的蝎口中得知其将与派往大蛇丸身边的卧底会面，认为是寻找佐助消息的好时机；在五代目批准下，准备往会面地点──天地桥出发。由於卡卡西在与迪达拉一战中虚耗过多，无法同行，于是由原暗部成员、化名大和的天藏担任新队长，率鸣人、樱及新成员佐井前往目的地。虽然鸣人及樱对佐井的假意笑容及口不择言，没甚好感，但同意为了佐助，即使要与不喜欢的人合作也心甘情愿。到达天地桥后，大和伪装成蝎，接触蝎的卧底，而鸣人们躲在岩后静待指示。令一行人惊讶的是，原来这名卧底就是药师兜。及后大蛇丸亦出现，大和的伪装身份亦被揭穿，双方交战起来。鸣人受到挑衅，化身成四尾妖狐，失去意志，还把小樱弄伤。大蛇丸与鸣人间爆发激战，被兜称为怪物间的战斗。后大蛇丸因三年限期已到，身体不能承受，不敢恋战而去；鸣人亦被大和操控尾兽的力量所压制，变回人类的状态。清醒过后，得悉是自己伤害了樱而悔疚，但同意大和所说，要不断锻鍊自己本身的力量去保护身边重要的人。
重见佐助篇
