但不久大蛇丸亦找上纲手，欲利诱她为其治疗被三代所废的双手，却不成功；于是大蛇丸决定采取强硬手段。大蛇丸及药师兜把纲手引到山丘上，兜以纲手害怕血的弱点，成功麻痹她的攻势、被兜拳打脚踢。幸自来也及鸣人及时赶上，鸣人还以自己的护额，替纲手挡住兜的拳击。鸣人更以计锁住兜的攻势，并与影分身一起施展出螺旋丸，袭向兜的胸膛，把兜轰撞至岩石上。但鸣人同时亦为兜伤及内脏，幸未有生命危险。纲手见鸣人这样保护自己而感激，又在短时间内习得螺旋丸而惊讶，决定重新振作，克服对血的心理障碍，跟大蛇丸一战。传说三忍自来也、纲手姬与大蛇丸展开对战，又分别召出各自的召唤兽，大蛇丸败在力量型的纲手之下。大蛇丸见势不对，与兜一同离去。三忍之战告终，纲手姬终为鸣人所动，决定返归木叶担任火影，又按约定把项鍊送给鸣人。纲手把一切的寄望，都托付在鸣人身上……
佐助营救篇
经过前次的任务，佐助深感自己的力量还不及鸣人，而心生嫉妒，欲追求更强大的力量，以向兄长宇智波鼬报仇。此时来自大蛇丸所成立的音隐村、卓号音隐四人众的四名忍者，劝诱佐助投诚音隐村，佐助亦为所动而准备叛离木叶。临行前佐助亦把前来劝告的小樱击晕。木叶虽收到佐助叛离的情报，但因之前受到砂忍及音忍的攻击，百废待兴，故未能派出多馀人力前往追捕。而鸣人知道后亦深感惊愕，决定要追回佐助，并寻找村中可信赖的伙伴参与任务。最终由中忍奈良鹿丸，下忍漩涡鸣人、日向宁次、秋道丁次及犬冢牙所构成的队伍执行任务。出发前，鸣人誓神擘愿向小樱承诺，一定会把她所喜欢的佐助带回木叶。然而，途中遇上音隐四人众分别的阻挠，而伙伴们亦豁出自己的性命让鸣人追上佐助。但却又突然杀出了拥有血继限界的强敌君麻吕，超出原先计划之外。鸣人试图制造千个影分身以击败君麻吕，但对方丝毫无损；幸得受伤后初愈的李洛克及时相助，可继续追赶佐助的步伐。
最终却讽刺地，在初代火影与宇智波斑决斗的终极之谷遇上。鸣人追问佐助为什麼不珍惜彼此之间的友谊；而佐助的回应却指出友情虽重要，但不能够让他变强，他所需要的是更强大的力量。鸣人无可奈何下唯有使用强硬手段迫佐助回归。佐助开启进化了的写轮眼，与使用九尾力量的鸣人对战。最终由进入第二重咒印、使用千鸟之术的佐助，击败使用九尾力量及螺旋丸的鸣人。大局已定，鸣人已无法继续追踪佐助，这亦将成为鸣人心中长久的一个遗憾……倒在地上昏过去的他，被大雨洒遍全身；直到卡卡西的到来，才把鸣人带回木叶接受治疗。此事之后，鸣人决心修练自己，跟随自来也在外修行……
第二部
风影营救篇
