第二回合是生存试练，在死亡森林内与其他考生争夺用来进级的天之卷轴及地之卷轴。途中遇上伪装成草忍考生、已叛离木叶的大蛇丸。佐助对大蛇丸所召唤的大蛇一度畏惧，故鸣人一反之前，反过来以激将法使佐助振作起来。佐助终以巧妙的身手制服大蛇丸，却被大蛇丸在其膊上留下天之咒印，痛极昏过去。鸣人亦中了大蛇丸的五行封印术，九尾力量被封印起来并昏过去。小樱只得自行照顾佐助及鸣人。但不久又遇上了音忍托斯、萨克及琴，小樱无法自行抵挡，幸得小李、鹿丸、丁次及井野等人相救；佐助亦突然爆发可怕的天之咒印力量，把音忍们击退。鸣人、佐助苏醒过后，三人又继续考试，但考试时限将至，始终仍欠缺所需卷轴。幸得之前认识的学长药师兜指点，决定往终点之塔处等待其他考生，并击败三名雨忍成功夺取卷轴过关。
第三场考试分预赛及淘汰赛。鸣人的预赛对手是犬冢牙及其忍犬赤丸。犬冢牙的兽人分身、牙通牙等术一度迫使鸣人处於下风；但鸣人却巧使计令牙错手重伤自己的忍犬赤丸，又因突然放了一个屁，严重影响牙的攻击能力，被鸣人自创的鸣人连弹所败。进入淘汰赛，鸣人遇上有天才之称的日向宁次，宁次的回天术、点穴术及八卦六十四掌更是出乎意料的厉害，鸣人连动宁次一根汗毛的力量也没有，甚至被其封印穴道，使不出任何查克拉。但因试前得到三忍之一的自来也所指点，使其能操控九尾的力量，并以九尾之力击败了宁次，获全场欢呼。
就在考试步近尾声之时，却遭到了砂忍及音忍的突然袭击，因佐助急於追赶自己的对手我爱罗，卡卡西便命令鸣人、小樱及鹿丸务必阻止佐助胡乱行动。途中鹿丸缓阻了八名从后追赶的音忍，鸣人亦追上佐助，却发现正在与佐助对战的我爱罗，已变成另一张怪物的面孔，还把小樱给捕捉起来。鸣人撇开恐惧，使出鸣人二千连弹及千年杀，把我爱罗打至溃不成形。及后我爱罗进一步化成完全体的尾兽一尾，鸣人亦召唤出已定下契约的哈蟆文太，再混合变身为九尾妖狐，把一尾逮住。鸣人把正沉入睡眠中的我爱罗撞醒，使一尾力量被压制起来。最后，鸣人一拳痛击我爱罗，使其倒在地上动弹不得，成为当时唯一打败我爱罗的木叶的忍者。小樱及佐助获救，我爱罗亦被其姊手鞠及兄勘九郎护送离开。他们回到木叶后，却己收到第三代火影身亡的恶噩……
三忍决战篇
第三代火影新丧，火影的位置一直被悬空；而卡卡西在对付突然来犯的晓成员－宇智波鼬时，亦中了其幻术，身心备受折磨而需长期待在医院；而佐助亦为鼬所伤。故此自来也决定带同鸣人，前往寻找深谙医术、三忍之一的纲手姬。此行目的除了请其为卡卡西及佐助治疗，亦打算邀她回来担任火影一职。此行途中，自来也顺道教鸣人新忍术－由四代火影所创、不需结印的忍术螺旋丸。后来在短册街酒馆内偶然遇上纲手姬及其助手静音，但对方对鸣人成为火影的梦想冷嘲热讽，使鸣人感到不满。喜欢赌博的纲手姬亦跟鸣人打赌，如果对方能在限期内习得螺旋丸，便把颈上属于初代遗物的项鍊送给他。鸣人亦毅然承诺。
