佐助见鸣人穷追不舍，便决定杀死鸣人像鼬所说的那样得到万花筒写轮眼。鸣人虽然感觉到佐助的杀意，但决心无论用什么手段都要把佐助带回村子。于是两人开始了大战。起先鸣人使用体内九尾的力量占据上风。但佐助在对阵中升级了他的写轮眼，和鸣人打成平手。这时鸣人让九尾的查克拉环绕在自己周围，并长出一条尾巴。而佐助则使用了咒印的状态二，变成了鹰的形态。两人各自使出绝招——鸣人的九尾力量的螺旋丸和佐助的咒印状态的千鸟在终结之谷的大瀑布上碰撞。在僵持状态下，佐助击中了鸣人，而鸣人则在佐助的护额上划出了一条裂纹。两种强力忍术的碰撞产生了巨大的爆炸，爆炸威力足以山崩地裂。之后，鸣人昏倒在地。胜利了的佐助并没有杀死鸣人，因为他要用自己的方式获得力量，而不是像鼬所希望的那样做。佐助离开了鸣人，去寻找大蛇丸。
第二部
第二部中的佐助
第二部开始时，佐助的面貌没有太大的变化。他依然冷酷、强大，而且斩断了和鸣人和小樱之间的友谊，全身心地去追求力量。在三人再次见面的时候，佐助毫不犹豫地攻击鸣人和小樱，不留一点情面。但另一方面，对于一些陌生人，他反而不大愿意随意杀戮。佐助和大蛇丸之间也仅仅是互相的利用关系。和其他音忍不同，佐助对大蛇丸既不恐惧也不尊重。只有在训练的时候，他才愿意和大蛇丸在一起。佐助没有佩戴音忍的护额，他身上唯一的标记就是宇智波一族的纹章。
在第一部到第二部的两年半时间里，佐助的能力大大提高。他使用一把草稚剑作为武器，并开发了新术千鸟流，可以让全身布满千鸟，攻击靠近的敌人。他还掌握了雷系查克拉的状态变化，可以不借助任何媒介使查克拉刀任意变化。可能由于大蛇丸的影响，佐助学会了类似潜隐蛇手的忍术。他对咒印的控制能力也大大提高，可以做到将身体的一部分提升到咒印状态。佐助实力更为深不可测，连九尾都忌三分。
佐助与佐井篇
在第二部中，佐助在和佐井见面时初次登场。他对佐井的出现无动于衷，还对大蛇丸的迟到表示不满。当佐井表示他会与比佐助更加好地和鸣人合作时，佐助用写轮眼震慑了佐井。此后佐井试图帮助鸣人和小樱，将佐助带回木叶村。佐助对众人的劝说毫不理会，表示只要能杀死鼬，就算大蛇丸夺走他的身体也在所不惜，然后就开始攻击新成立的第七班。
几轮交手之后，佐助进入了鸣人的意识，发现了九尾的秘密。九尾妖狐对佐助的出现很吃惊，他说佐助的写轮眼和查克拉比他自己的还要邪恶，并说以前见过类似的宇智波斑。佐助说他对九尾说的毫不知情，然后开始压制九尾的查克拉。九尾退却时威胁佐助不要杀死鸣人。两个人又回到了现实之中。就在佐助准备使用绝招将众人一举歼灭的时候，大蛇丸和兜出现了。兜劝说佐助留下第七班，这样可以削弱晓的力量，便于他对鼬的复仇。于是佐助一行三人就消失了。
大蛇丸之死篇
佐助再次出现在一群被他打倒的忍者中间，他身上干干净净，一点血都没有被溅到。大蛇丸说即使是号称天才的他在当年也没有如此实力。由于佐助觉得自己已经没有什么可以从大蛇丸那里学到的了，就在大蛇丸躺在**养病的时候突然发起攻击，用查克拉刀攻击大蛇丸。而早有准备的大蛇丸则现出真身“白鳞大蛇”，要夺取佐助的身体。两人在精神空间里进行战斗。在佐助的写轮眼下，大蛇丸遭到了和当年对战鼬相同的惨败，他的精神世界完全被佐助吞并了。
