在场大臣小臣都听不明白朱由崧的意思，只好继续保持沉默，静待朱由崧自己揭露底牌。
就听朱由崧言道：“若首都迁回北京，则朕以为可在承天安陆府设行户部、行度支二部，负责郧阳、湖北、湖南、川东、川西、川南、江西、赣中、赣南、广东、广西、南宁、柳江、黔东、黔西、滇中、滇西等十六道及承天安陆府的税赋征收和支出管理；南京则置南京行度支部，南京行度支部下属报销司、审计司、统计司，负责负责江东、苏常、浙北、浙南、福建、乂安、江北等七道及应天府、凤阳府的报销、审计、统计事务，但江东七道二府的预算和结算仍要上报北京度支部，另外南京作为留都时不设行户部，设行太仆寺，江东七道二府之相关税赋解南京行太仆寺后，七道二府仍要到北京户部入账。”
“再有，南京和承天可置行兵部，两地行兵部会同两地留守司及镇守内臣分别负责江南及西南军务。”朱由崧随后补充道：“承天和南京行兵部不设武选司，另江西三道军务由南京方面负责！此外，留都行部并非是独立王国，处置事务应按月向首都各部报告，必要之账目也应在每年规定时间向首都户部、度支部、兵部报告！”
为了体现留都各行部是首都各部的派出机构，朱由崧又道：“留都行部尚书、侍郎以降部员，品阶较首都各部降一级！”
“若首都乃在南京，”朱由崧越说越顺。“则于奉天河南府设行户部、行度支部和行兵部，负责关中、狭北、汉中、宁夏、陇西、河西、晋南、晋中、代北各道事务及榆林、宁夏、河西、镇羌军务并指挥奉天及固原京营；另在北京设置行兵部，会同北京留守司、北京镇守内臣共同指挥永平、蓟州、顺天、宣镇、大同、万全等地边军。”
当然，真要授权各地留守司指挥方面军务，那么在留守司之下是要设置行参军司的，但这里就不要跟在场众臣说的太详细了。
马士英仔细分析着朱由崧的话，忽然灵光一闪，明白了朱由崧的意思，没错，西北和西南都是财力非常困难的地区，就算其中有少数几个道相对富裕，也是拖带不起来整体的经济和军需的，因此承天或奉天的行户部、行度支部虽然有钱又有（花钱的）权，却是支棱不起地区财政的，或多或少要中央财政补贴，自然也就受到中央的制约了。
而各处留都的行兵部少了最重要的武选司，实际是没办法制约辖区内的驻军的，所以就只能老老实实的作为战区后勤部、监军部存在，同样没可能与首都兵部分庭抗礼。
至于让北京成为留都，那是因为华北长期将是一个需要输入资源的地区，只要南京这边截断了漕运，那么北方即便出现不可控的因素，结局就会跟弘光四年前控制华北的清廷一样，会被巨大的资源需求给拖垮了；而让南京成为留都，一面有西南兵马牵制，一面又掌握不住江东七道二府收上来的钱粮，也是对抗不了中枢权威的。
马士英刚想说“妙”，忽然又想到了一个问题，于是他探问朱由崧道：“若设置两处留都，一旦再出现烈宗毅皇帝故事，该以谁为主，万一各自希慕拥立之功，岂不是要乱套了？”
另一时空，南明在弘光后快速瓦解，就是因为各地野心家蜂起，大家都想着从龙之功，结果同时拥戴了多名皇帝、监国，而这些皇帝和监国又各自不服，由此形成了巨大内耗的缘故，所以朱由崧对此早有预算，当马士英问起，便立刻答道：“两处留都，自然是以居南北京之大臣为主，此当官制中明定，以戒野心之辈。”
马士英和孙传庭、张国维三人对视一眼，觉得问题不大，便应道：“臣等稍后就拟定相关条文。”
说完了留都的事情，朱由崧把话扯回到了地方官制改制上：“各道，应该在巡抚之下，设布政、转运、支度、按察、兵备、营建、提学等使，并设置大理分寺、太仆分寺、太医分署等机构，其中布政使为巡抚副手，但不加都察院衔，继续以巡按监察地方。”
马士英回复道：“臣等的确是这样设想的，不过，各道的衙门设置相当简单，但各府、各直隶州、各散州、各县如何置官就有些不同意见了。”
朱由崧问道：“有那些不同意见！”
孙传庭接口道：“翰林院的建议是，将府与直隶州合并，统称为州，然后按面积大小、人口多寡、赋税高低分为大上中下四等，将散州和县统称为县，并一样按面积、人口、税赋分为上中下三等，然后州县官员的级别虽然一致，但升迁时需要从下县下州逐级升迁。”
宋之普好不容易抓住机会，插话道：“而臣和铁知州的意思是，依旧保留现有府、直隶州、散州、县的设置，这样也好逐级升迁！”
翰林院显然是从“道”这个一级行政区出发，认为朱由崧又恢复唐代旧制的想法，所以简单粗暴的以“州”、“县”来命名二级行政区和三级行政区，但宋之普等地方官员却认为二百多年来，老百姓已经习惯了“府”、“直隶州”、“散州”、“县”的分别，没必要改来改去。
此外，翰林院方案中，知州统一为正五品、知县统一为正七品，这就让地方官吐血了，要知道翰林院可是规划了四等州、三等县的，若按一任三年，一般两任来算，知县没有一点殊勋想要升到从六品得十八年、知州没有立功减少磨堪的话，想要升到从四品得二十四年，这就等于断了地方官员升晋的道路也难怪宋之普等地方官员异常反对呢！
朱由崧沉吟一会，没有马上做出决断，而是说道：“州一级，设知州为主官，通判为副手并兼布政使判官？不，判官不好听，让人觉得还是道一级诸使的副手呢，名字得改！”
