在夺取登州之后，孔有德叛军一方面致书余大化，要求以明廷承认其等在山东的割据为条件，实现和平----对此，余大化居然表示愿意以此来息事宁人，只是因为时任山东巡按的王道纯的反对而作罢----另一方面又对黄县实施了攻击。
崇祯五年元月十三日，莱州参将张奇功在率领300弱卒和黄县民夫坚守城池两昼夜后，力竭而败，黄县就此失守，莱州危急。
为了救援莱州，也是为了平灭孔部叛乱，明廷急调杨御蕃、王洪、刘国柱三部驰援莱州。
元月二十八日，杨、王、刘等三名总兵官率5000兵马赶到莱州城下设防，然而此时，叛军已经拥有骑兵5000人、步兵10000人，明军总兵力明显处于劣势状态；好在，叛军兵力虽众，但尚未完成最后的编组，建制混乱，所以，才没有第一时间对劣势明军进行进攻。
元月三十日，与明军对峙两天，并借此进一步完善了部队编组的叛军开始展开进攻，但杨御蕃部守备严谨，叛军进攻了一个白天也未能攻下杨部的阵地，只能转而以2000骑兵围困和牵制杨部，主力转而攻打王洪率领的天津营。
由于叛军本身装备有大量红夷火炮及其他火炮，再加上有兵力上的优势，因此，打到二月初一那天，王洪部天津营便被叛军击败，而后溃散了。
击溃了天津营后，叛军集中火力攻击杨部军阵，杨部坚守到二月初二也挡不住了，于是杨御蕃便果断发起主动反击，一举打乱了叛军的阵脚，这才掩护己部有序的撤回莱州城内，追击杨部的叛军随后赶到，将莱州城团团包围了起来。
并且随着时间的推移，赶到莱州城下的叛军数量越来越多，一度号称有10万之众，当然，这个数字是有水分的----至少在朱由崧的努力之下，东江镇已经比另一时空减少了30000万多辅兵，这就无形中减少了叛军的总数----但比起全部只有4000人的莱州守军来说，还是多了太多的。
所以，立足未稳的叛军，于当年二月初五就迫不及待的对莱州城发起了进攻，当适时，叛军箭矢如蝗、炮子不绝，守城明军被压制的根本无法做出有效还击，只能趁着叛军试图登城、后方压制火力削减的机会，实施反击。
正是靠着这样的沉着冷静，守军才屡次挫败了叛军前锋攻城的企图。
第一次进攻莱州城的失败，给一路骄纵、自诩攻无不克、屡战屡胜的叛军造成了很大的心理冲击，所以，直到二月初九才发动了新的一轮进攻，这一次，叛军似乎窥知莱州城内兵少，所以采取了四面同时围攻的策略，但守军众志成城，还是再一次的打退了叛军的进攻。
叛军无可奈何，只能采取建筑高垒，然后将火炮拖上去与城内明军大炮对射的战术，但杨御蕃以总兵身份亲临一线作战，给予了明军将士极大的激励，因此尽管守军死伤枕籍，还是死战不退，最终再一次击退了叛军的进攻。
叛军无可奈何，只能采取挖掘地道、填满火药、炸垮城墙的战术，所以，接下来的2个多月里，攻守双方围绕地道，展开了惨烈的战斗，双方都有不小的损失。
时间推进至三月二十六日凌晨，叛军终于用火药炸垮了莱州城东北角的城墙，随即，叛军大举突入，与坚守的川兵和湖广兵展开殊死搏斗，叛军当晚三次冲上莱州城头，又三次被赶了回去，双方伤亡战士的尸体几乎擂的跟城墙一样高了，最终，在天亮时分，叛军因为承受不住如此巨大的伤亡，终于放弃了继续进攻，撤出了战斗。
因为三月二十六日的惨重损失，所以叛军不得不放弃了强攻莱州的打算，转而围点打援，优先对付明军援兵。
不过，在当年四月初二的打援战斗中，师老无功、士气低落的叛军却是吃了迎头一棒，包括陈文才等在内的多位叛军将领或被明军俘虏，或被明军击败，一时间，叛军发现自己面临了立刻倾覆的危局。
因此，叛军方面故技重施，在遣使媾和来迷惑明军统帅的同时，以骑兵抄小路阶段明军粮道，导致总兵力达到25000人的明军援军不战自溃，明军援军所携带的火炮和火药也因此全部落入了叛军之手，大大的给叛军补了一回奶----福海号是用粮食、药品跟叛军交换被抓的山东百姓的，因此叛军的火药一直是有消耗没补充的，却没曾想到，福海号这边没给叛军的东西，明军援军却自己拱手相送了。
击退了这波明军主力后，叛军又加强了对莱州城的包围，更让莱州军民雪上加霜的是，当年四月十六日，接替无能且渎职的徐大化出任山东巡抚的徐从治在迅速莱州城防是被叛军炮火集中头部，当场殉国了。
徐从治不幸遇害的消息一经传开，莱州军民的士气受到极大的打击，也就是叛军并不知道自己火炮建功，没有进一步派遣兵马攻城，否则莱州未必能坚守得下去······
时间进入崇祯五年五月，眼见得莱州之围不解，山东等地频频告急，而各路援军也先后无功，以王万象为首的山东籍官员再也无法忍受家乡继续被涂炭了，所以，纷纷上疏奏请调到边军入关剿贼。
恰好此时，崇祯皇帝得到了阿巴海在四月份率兵攻打察哈尔部的消息，认为后金军势必会被林丹汗拖住，辽西等地的防务暂时不会吃紧，所以便同意了鲁省官员们的要求，于六月初九，调到辽镇官兵4800人入关赴援。
这支部队由总兵金国奇率领，高起潜为监军，祖大弼、祖宽、吴襄、吴三桂等多名辽镇战将从征----由于知道高起潜监军意味着明廷对辽镇兵马的不信任，所以，为了确保每年几百万两辽饷还能足额到手，辽镇兵马发誓要在山东打出自己的威名来----一场辽镇和东江镇旧人的宿命之战由此即将打响······
