从崇祯八年至今，锦衣卫虽然奉命抄家无数，但最后被处死的人数并不多，朱由检并没有下令对犯案者的家眷进行无差别的杀戮，老弱妇孺都是以流放告终。
但由于这次袭官案发生的背景后面，正是朱由检准备大刀阔斧进行改革的时候，所以此次相关涉事人员很不幸的成为了祭旗者。
顾、吕、徐、周公然遣人袭杀朝廷官员，其行为实为十恶不赦之罪；其四家阴蓄私奴、暗藏刀兵、意图不轨，此已属謀逆，当夷九族，但朕仁心，不意牵连过甚，故判夷三族。
其四家私奴交于地方官府登记入册，并从所查抄田亩中，按每口十亩口分田划拨供其劳作养家。
江南各地私人所蓄养之私奴此次一并遣散，敢有违抗者，不论其家世背景，皆以意图不轨论处。
松江府知府谢汝运、通判黄盛举、推官耿元仁以及按察使司、各县涉案官员，身受皇恩，不思回报，日常以交通逆贼为荣，故皆属謀逆案从犯，满门抄斩，家产充公。
其余各府县吏员以同罪论处。
着锦衣亲军将案犯极其家眷，押解至苏松常三府，以每户为基数，于闹市每日行刑，直至人犯全部处决为止。
这一条是朱由检于圣旨最后特意加上去的，为的就是以此来对江南不服朝廷号令者发出警告：若再有心怀叵测之人，这就是你们全家人的下场。
由于此案为謀逆案，四姓海商要夷三族，加上其余人等，涉及的人员足可达上千人，按照每天处斩一家来算，三府之地也得杀个十天半月的。
相信行刑完毕之后，血淋淋的场景会成为少数人心中长时间内挥之不去的噩梦，再有朝廷政令到来时，他们要是再想依着两百年来养成的习惯予以抗拒，那就得掂量掂量家里有多少人尸身分家了。
孙传庭那边如果侦缉完结，也要照此执行，杭嘉湖这三处最为繁华之地就是刑场。
