一艘斯库鲁人的太空船坠落在纽约，当伊米尔领导的终极守望者和钢铁侠领导的神力复仇者赶到时，钢铁侠率先打开了舱门。乐--令所有人大吃一惊的是，从太空船中走出来的竟是一些看上去即为陌生的超级英雄。站在他们面前的超人、蝙蝠侠、闪电侠、绿箭侠、绿灯侠，自称是从另外一个宇宙维度来临，并且刚刚从斯库鲁人的手里抢下了这艘太空船来到地球。
另一方面，正当漫威超级英雄们面面相觑的时候，潜伏在人间的墨菲斯托和希尔司令官串联一气开始发难。邪神洛基从阿斯加德回归，摧毁了天剑的太空站——尖峰塔，塔上的特工死伤无数。
征服者康来到当前时空，趁机攻破了复仇者大厦，向钢铁侠全球控制中心的主机里注入未来病毒，导致钢铁侠护甲完全损毁，全球所有和斯塔克工业公司联网的单位——包括神盾指挥船——全部瘫痪。现在，一支庞大的未来征服者舰队正在接近地球，入侵刚刚开始。
短暂的僵持后，互相并不认可对方存在的两队超级英雄大打出手，来自于不同世界的英雄，仰望同一片天空，危机，即将来临！
在纽约的街头，一众普通人正在围攻一个无辜的变种人（主角最初的女朋友），闪电侠表示别怕，我先把你带走。但是突然身体一震，他发现自己在这个世界中完全感觉不到神速力了。（某些东西在融合宇宙里是没用或者没有的，比如闪电侠力量的来源——神速力，无限手套，绿灯充电池，氪石等等）
另一方面，征服者康出现在伊米尔的面前。试图抹消掉他这个不应该存在于这个世界的不安定因素。伊米尔汇合终极守望者众人之力，击退了征服者康的袭击，但是征服者康并没有打算就此认输，在纽约，一支庞大的征服者舰队已经抵达，成千上万的征服者飞船如同潮水般涌出，开始征服这个时空中的主地球。
就在两队超级英雄战斗的同时，斯库鲁人，一些拥有着变形能力的外星人，开始了对地球的入侵。数千名斯库鲁超能力展示降落在曼哈顿。全面地面入侵开始。少年复仇者和英雄猎手很快就被他们击溃，斯库鲁人开始在面向全世界的镜头前处死反抗的英雄，试图杀一儆百。
然而。尼克弗瑞率领的咆哮突击队的出现，为惨烈的战局带来了转机。回到纽约，希尔司令官找到了被瘫痪了盔甲的托尼斯塔克，亮明了自己的身份。原来她是早已就潜伏在了地球上的斯库鲁女皇。她告诉斯塔克，其实真正在和他们决战的并不是dc英雄，而是由斯库鲁帝国的特工们所变化而成的“赝品”
在这之后。希尔司令官人间蒸发了。但在她小时之前，她瘫痪了地球上的所有防备系统。并且告诉其他人，他们眼前的托尼斯塔克并非本人。而是斯库鲁帝国有史以来最伟大的沉睡特工。
一时间，地球似乎已经沦为了征服者康、斯库鲁人还有邪神洛基与德库拉的殖民地。尽管超级英雄们陷入了苦战，这场和意料之外敌人的战斗让英雄们的身心都遭到了重创。他们甚至还不能确定到底有多少土地收到了斯库鲁人的见他，也不能确定身边的朋友到底还有多少是斯库鲁特工。
另一方面，陷入身份危机的不仅仅是地球上的英雄们，在发现自己的真实身份其实是斯库鲁沉睡特工后，蝙蝠侠，曾经高傲的dc超级英雄，高谈市的守护者，在与康斯坦丁的一番对话后，愤然调转矛头进攻向了斯库鲁人的舰队。
与蝙蝠侠一同反叛了自己阵营的还有康斯坦丁、超人等等著名英雄。着猝不及防的一举让被捕捉的神奇先生，以及主动投靠向了斯库鲁人的毁灭博士，成功地掏出了斯库鲁人的控制。钢铁侠交出了自己的指挥权，所有的地球超级英雄团结在伊米尔的身边，救出了在纽约陷入苦战的超级英雄们，在那里，斯库鲁人和征服者康，几乎已经确立了统治地位。
