6月23日清军攻下府城，朱一贵亦向北退走，先退大穆降（今台南市新化区），再走湾里溪、下茄苳（台南市后壁区），最后于闰6月5日仅馀千馀人进入沟尾庄(今嘉义县太保市)。漳州人王仁和密谋杨旭、杨雄，联合六庄乡丁设计擒朱一贵等解赴清军。大明永和至此结束。清军自抵鹿耳门至击溃朱一贵，约仅半个月；而朱一贵自称帝至沟尾庄被擒，为时亦尚不到二个月，因此民间遂有歌谣传唱：「头戴明朝帽，身穿清朝衣；五月称永和，六月还康熙」。
清军亦藉此事展开扫荡，彻底拔除南明残馀军队，直到世宗雍正元年（1723年）才恢復寧静。
事件后续
朱一贵和于九月投降清军的杜君英俱于十月解送北京。朱一贵被捕时面对平乱之福建水师提督施世驃（施琅之子，施世纶之弟）、清朝官员蓝廷珍，犹昂然自立，自称孤家，并斥清吏官员道：我復兴大明，怎么可以说是造反？反而你们堂堂汉人，却在清廷做官，才真的是造反。康熙六十一年（1722年）2月22日，朱一贵、李勇、吴外、陈印、张阿山等人遭凌迟处死，亲属一同罹难。而事变起时，原任台厦道梁文煊、同知王礼、知县吴观域、朱夔因弃台而逃，均遭清廷押回台湾处斩于市。知府王珍已死，亦遭开棺戮尸示眾。
相关古蹟
日治时期，民间传言朱一贵死后被玉皇大帝封为「台南州城隍绥靖侯」，在台南市小南门城隍庙被祀为主神。据说朱一贵养鸭于鸭母寮，于今高雄市内门区光兴里内。鸭母寮兴安宫供奉朱一贵神位，兴安宫在庙前水池中增置朱一贵赶鸭子的塑像。
六堆忠义祠：原名「忠义亭」，康熙六十一年落成。祭祀朱一贵事件中为保卫乡土而牺牲的六堆先民。雍正十年，雍正皇帝下旨重修忠义亭。日治初期，日本政府并未禁止忠义亭的祭祀，但其后随即下令禁止居民祭拜。民国四十七年忠义亭在地方人士的奔走下完成重建，并改名为「忠义祠」。
鸟松乡大将庙：位于高雄市鸟松区的「大将庙」，庙内祭祀朱一贵事件中，于赤山之战阵亡的台湾镇标左营千总陈元。而大将庙的所在位置，即为朱一贵、杜君英大战台湾镇标右营游击周应龙之「赤山之战」的古战场。
(摘录自维基百科)
白玫的分析。
这是郑氏投降清朝的第一次民反。
歷时只有两个月。
理由是反对王珍次子的暴政。
是由广东人，福建人，台湾台南府城的汉人组成的军队。不过大部分的军队是不知为何而战的？大概是为了有饭吃而战的。纪律，编制都没有！
以这样的军队能佔领台南府实在是不简单。
后来广东人与福建人分裂。杜君英与朱一贵分裂。
是两万而以下的决战。胜利取决于决死的信心，军队平常的训练，还有粮草的充实与否。朱一贵是乌合之眾，当然经不起正规作战？打了两天就垮了！如果朱一贵避开决战，则可打久一点。
跟以后的地方起义一样，不知清兵度海过来的严重性。
只看到眼前的胜利，而见猎心喜。勇于牺牲。顾前不顾后！
而清朝在台湾的官兵一向不堪一击。
地方自保。反抗叛军的猎夺物资。
在当时两万人以上的反抗军，等于是所有的地方村庄都反了。就像农民起义，连小孩妇人也叄加其中。没有留下来观战的？其实当时的垦民都是单身汉。没有眷属？
清朝都先打败战，然后从福建派重兵过来围剿。
林爽人那一次，派过来的兵只敢围不敢剿，等更大的兵团来才敢行动。纳蓝的大军一到才行动。
像这种战争在白玫眼里，还是看不上眼。
因为根本不像是战争？逞一时之勇。最后牺牲性命！白玫是有洁癖的！在她的战争小说里。
