内部分裂(15)
朱一贵和杜君英二部本为合作关係，而非从属关係。杜君英竖旗起事较朱一贵更早，而在事变初期，杜君英的声势亦较大于朱一贵。杜君英起事之后，赤山之战、凤山城陷和府城之役，每战皆捷。而朱一贵则先在冈山麓为周应龙所败，而在赤山之战和府城之役，朱一贵也要待和杜君英会拢后，方始出战清军。
最后也是杜君英所部率先攻入台湾府城。杜君英遂以其功劳最大，而欲立其子杜会三为王，其他起事伙伴则以朱一贵为朱姓，可以冒充明朝皇帝后裔来号召群眾，遂拥戴朱一贵为王，杜君英仅受朱一贵封为二十七名国公之一。杜君英心中不服，因而与朱一贵发生争执。
朱一贵和杜君英二人的权力斗争爆发在强娶妇女事件上。杜君英和朱一贵争权失利后，行事颇多骄纵。朱一贵入府后，榜示禁止淫掠，想要整飭军纪。杜君英则故意掳了七名女子，其中一女尚是朱一贵集团的核心成员吴外的亲戚。
吴外、朱一贵请杜君英放人，为杜君英所拒。朱一贵于是密谋围攻杜君英，两方爆发激斗。
朱一贵的部眾以闽籍漳、泉二府为主。而杜君英集团成员的组成则包括了闽籍漳、泉垦民和粤籍使用潮州话的潮州潮阳、揭阳、海阳一地垦民与客籍佣工。
待至杜君英和其所属的粤籍将领以权力分配不公而和朱一贵集团起争执，且朱一贵集团又以整飭纪律为由密谋剿灭杜君英时，双方遂发生对立。内鬨中，杜君英集团发生闽、粤分裂，原杜君英集团的闽籍将领选择了地缘认同，倒戈投向同为闽籍的朱一贵。
至此，整个起事集团遂分裂为使用泉漳片的闽籍垦民和使用潮汕片的粤籍垦民二股势力，而形成闽、粤对立。其后，杜君英战败，并率残部败走猫儿干（今云林县崙背乡），并于其后降于清军。
地方自保
在朱一贵、杜君英相争之际，下淡水溪即有十三大庄、六十四小庄，包含了闽籍汀州府和粤籍镇平、平远、程乡三县未附眾起事的客籍垦民，因惧遭战火波及，遂集结以自保。
共推李直三为大总理，并联合凤山八社的平埔族民，聚眾万馀人，分七营（六堆），并在清除了下淡水溪东岸朱一贵的势力后，沿下淡水溪东岸佈防。而朱一贵在击败杜君英部后，欲一举清剿屏东平原未归附之势力，乃派兵南下。
6月12日，朱一贵部之陈福寿、王忠、刘育、刘国基、薛菊生、郭国楨率二万馀人，陆续出现在下淡水溪西岸。二军在经一个礼拜的沿河对峙之后，朱一贵部于6月18日早上发动攻击，从西港口抢渡下淡水溪，先败先锋营和右营，焚劫新园，下午再败五营联军于小赤山，欲取道万丹，直取滥滥庄。6月19日，朱一贵部再度发动攻击，惟客庄七营已于万丹完成集结，朱一贵部遭夹攻后大败溃逃。从渡河至兵败，前后歷时仅二日。
清军抵台
清吏于台湾府城破后尽数退至澎湖。闽浙总督觉罗满保闻事变，于5月12日进抵泉州府，随后调集兵粮而于6月1日，偕同南澳总兵官蓝廷珍，率水陆军由厦门出海，于澎湖会同福建水师提督施世驃后，向台湾进发。
清军于6月16日抵鹿耳门，6月17日逢涨潮而直入安平港。朱一贵集团原仅为各山头势力的联合，缺乏严密的组织，而且参与的部眾多有并非志愿参与。
而先前内鬨，导致杜君英率原集团主力部队数万馀人北走。
復又对清军大军压境毫无警觉，而分二万馀眾南下，一心吞併下淡水溪，结果大败于六堆。再加上清军抵鹿耳门后，安平一地有郭步青率千馀人、顏平率八百馀人反朱一贵导致朱一贵作战连连失利。朱一贵一战先败于安平，再战败于府城。
