俄军陆上部队进占黑龙江的同时，俄远东海军主力也纷纷从海参崴、蔚山出动，绕过朝鲜海峡进入黄海，在黄海游弋威慑清帝国北洋水师。
与此同时，法国和德国的部分军舰也打着维持黄海稳定的借口在黄海游弋，实际上却是暗中支持俄国海军。
李鸿章接到清廷总理衙门严令不得出战，因此北洋水师缩在旅顺和威海卫两处海军基地内，避战不出。北洋陆军八镇也请命出战，但被李鸿章以局势不明、陆军战力未成为由拒绝。
5月9日，沙俄海军轻易的封锁了旅顺和威海卫港口，将北洋水师各舰圈在基地内不能出来，黄海制海权落入俄军之手。
清廷中央主战派和主和派一直喋喋不休。
以光绪、翁同龢、李鸿藻等御史清流集团力主开战，光绪认为只有开战他才有机会将军政大权握在手里，这和甲午战争期间的夺权计划如出一辙。
主和派以礼亲王世铎、恭亲王奕?为主，包括李鸿章、张之洞、刘坤一等封疆大吏都不认为清军有能力击败俄军，毕竟清俄两国军力相差悬殊。清帝国瞧不起日本才敢对日本宣战，但却不敢跟俄国宣战。近半个世纪以来，沙俄陆续割占清帝国150多万平方公里的土地，清廷从来就不敢说个不字，这次也是一样希望割点土地安抚俄国。
江东冲突爆发时，主和派稳居上风。总理衙门谋求外交渠道解决问题，甚至打算牺牲寿山以安抚沙俄。总理衙门请各国列强出面调停，但法国和德国态度偏向俄国，英国表示力挺清帝国，派军舰进入黄海威慑沙俄海军，但可惜英国无法阻止沙俄陆军，而德法俄三国抱团使得沙俄不理会英国的抗议。总理衙门于是寻求美国支持，但此刻美国正处于大选年，民主党克利夫兰政府遭到共和党竞选人威廉－麦金莱的强力挑战，因此无暇顾及远东。
沙俄根本不理会主和派的求和请求，出兵攻占瑷珲、卜奎城。面对国土沦丧，康有为、梁启超等人发动大规模的公车上书行动，数万人联名请命抗击沙俄侵略，声援光绪，这使得主和派失策，主战派获得上风。
慈禧一直都未表态。不过当黑龙江沦陷后，慈禧迫于宗室压力，旗人祖宗之地不能丢了，因此同意光绪的主战策略，并下懿旨要求李鸿章组织北洋陆军和海军备战。
北洋陆军业已练成第一镇和第二镇，李鸿章准备命其出关外作战，但还未开拔便得知俄军停止了军事行动，清廷见俄国有谈判的意思了，于是再次下令北洋陆军原地待命。
原来这是因为俄军司令库尔伯特金认为以远东目前俄军的力量不足以长线作战，因此准备跟清政府谈判来赢得下一步准备时间。但清政府并不知道俄军阴谋，积极派人跟俄国代表谈判，争取和平解决黑龙江问题。
5月11日，俄国远东军区司令库尔伯特金大将在给圣彼得堡汇报中称，远东军区一个步兵师便占领了黑龙江全省，而清廷懦弱无比不敢跟俄国开战，清帝国军队士气低落，俄军所到之处主动投降，清廷北洋水师被封锁在基地内不敢出战。库尔伯特金据此判断，如果圣彼得堡向远东军区增兵10万定能割占清帝国东北三省。
圣彼得堡方面，沙皇尼古拉二世接到库尔伯特金的报告后十分高兴，召集陆海两军部大臣商议一番，然后由俄国陆军部向远东地区增派5个军，准备扩大局部战争规模，如果进展顺利将提前发动全面战争。
不过，远东连接圣彼得堡的西伯利亚铁路还未修通。俄陆军部决定从中亚抽调三个军，再从新西伯利亚抽调一个哥萨克骑兵军团快速增援远东。尽管这样，俄援军抵达远东仍需要五个月的时间，而且抵达远东至少需要休整一个月的时间，这样就到了1896年的隆冬时分了，并不适合发动战争。因此，综合考虑后，俄国决定跟清政府进行一场长期的谈判，以此来赢得战争准备时间。
