之后，警方在跟踪盖西的过程中，发现盖西一边开车一边拿着一串念珠在祷告。盖西来到了一个名叫罗纳德·罗德的人家中，此人是盖西的朋友。据罗纳德反映，盖西一看到他就紧紧地抱住他，然后一边哭一边说自己杀死了30个人。警方开始担心盖西会在走投无路之下自杀，于是就以非法藏匿和分发大麻的罪名将盖西逮捕。
被捕后，盖西并未马上承认罪行。但当警方将从他的地下室里找到的一节人手骨和一堆腐烂组织摆在盖西面前时，盖西的心理防线终于崩溃了，他向警方交代说，自己从1972年起就开始杀人，一共杀害了大约25至30人。他经常到芝加哥的车站和街上开车游**，寻找年轻男孩。看到男妓或离家出走的男孩时，他就会以给予工作或报酬的理由将男孩骗到自己家中，有时也会直接采取暴力手段将男孩绑走。
在自己家里，盖西会给被害人戴上手铐或者用绳子绑住他，然后开始虐待和强奸被害人，最后会将被害人给勒死。通常情况下，盖西每次作案只会诱骗一个男孩到自己家中，偶尔会一下子杀害两名男孩，他将这种情况称为“双捕”。
盖西第一次作案是在1972年1月2日，被害人是一名15岁的少年，名叫蒂莫西·麦科伊。盖西在长途汽车站遇到了蒂莫西，他带着蒂莫西在芝加哥玩了一会儿，然后带着他回家了，盖西向蒂莫西承诺会在第二天早上送他去车站。当天晚上，盖西与蒂莫西发生了性关系。
第二天早上，盖西模模糊糊中看到蒂莫西拿着一把菜刀站在床边看着自己，他立刻惊醒了，从**跳了起来。蒂莫西也很吃惊，手中的菜刀不小心划伤了盖西的前臂。盖西迅速从蒂莫西手中抢过菜刀，拽着蒂莫西的头发不停地向墙上撞去，最后用菜刀将蒂莫西杀死了。
当时盖西以为蒂莫西想要杀死自己，所以他才会迅速地反击。他本以为这是一场自卫行动，但当他来到厨房时，看见了做好的早餐，他才知道自己误杀了蒂莫西。之后，盖西将蒂莫西的尸体埋在了地板下，并在上面加固了一层水泥。
这是盖西第一次杀人，他认为这完全是一次意外，他根本没打算杀死蒂莫西。但他也承认，第一次杀人虽然让他觉得筋疲力尽，但也很兴奋，他开始意识到，杀人能给自己带来巨大的快感。
在杀死蒂莫西的半年后，盖西再婚了，他与一名带着两个女儿的离异女士卡罗尔·霍夫结婚了。在婚礼举行前夕，盖西被一名年轻男子控告强奸。警方在调查中发现，这名年轻男子企图敲诈盖西，于是这项指控很快就被撤销了。
盖西的第二次作案发生在1974年1月，被害人是一个身份不明的少年，年龄大概在15岁到17岁之间。盖西在将被害人诱骗到家中后，就将他勒死了。之后，盖西将尸体藏到了壁橱中。后来他发现尸体的口鼻中会流出一些**，而且还将他的地毯给弄脏了。为了避免类似状况的发生，盖西在之后的杀人过程中都会先将被害人的嘴巴给堵上。
除了流浪少年和男妓外，盖西也会朝自己的雇员下手，他的雇员大都是年轻男性，有的还是正在上学的少年。
17岁的约翰·布特科维奇就是在盖西手下工作后不久便离奇失踪的。当时约翰的父亲还给盖西打电话询问儿子的行踪，盖西表示他也不知道约翰的下落，不过他很乐意帮助一起寻找。后来约翰的父亲报了警，盖西因此被警方传讯。盖西对警方的解释是，约翰的确因工资问题来过他家，但很快就离开了。
约翰的父亲一直非常怀疑盖西，所以给警方打了许多次电话，希望警方能继续深入调查盖西。但警方根本没有继续调查盖西，毕竟盖西是个成功的商人，而且经常参加慈善活动。
被捕后，盖西向警方承认的确是他杀死了约翰。那时，盖西故意拖欠了约翰两周的工资，并以解决工资问题为诱饵将约翰骗到自己家中。当时他的妻子带着继女去看望姐姐了，他将约翰杀死后，就将他的尸体藏在了车库的水泥地底下。
