一整天的血战后，三十五条战舰，只有八条生还，十一艘被俘，十六条沉、毁。马尼拉城内守军的士气，也彻底跌到了谷底。
曼努埃尔总督非常清楚，他最后的希望破灭了，随着舰队的完蛋，他至少两年之内不可能得到来自本土的任何增援了。
就算还有近四千人的士兵和几万土著仆从军，那又如何？
大明可是在家门口作战，补给和增援的难度比西班牙人快捷二十倍。明军从福州过来只有两千里，如果从安平到吕宋岛北端，更是只有六百里的海峡。
西班牙本土过来增援，却有四万里。
存量越打越少，援军已经没了，还挣扎什么？
累了，毁灭吧。
西班牙陆军在最后挣扎了个把月，对得起自己的尊严后，选择了投降。一共两千八百名陆军，一千一百名海军水兵，走进了明军的俘虏营，其中还包括一千多名伤病员，实在是打不下去了。
投降的时候，曼努埃尔总督还试图让明军遵守绅士风度，保留西班牙将士的私人财产，并且不得劫掠马尼拉的平民。
可惜，这次他的要求并没有得到郑成功的许诺。
郑成功地回答很义正词严：“天下哪有这么好的事情？此番大明来吊民伐罪，为的就是四年前西班牙人在马尼拉的屠戮！当时他们怎么不给那被杀的三万多华人一条生路！怎么不留下他们的财产！”
所以，大明最后出于人道注意，以及谈判和未来约束的需要，也只是暂时留下普通士兵的生命，毕竟对方最后停火投降了，如果全杀光的话，当初激起反抗，大明也得死更多人。
无故大量杀俘，也容易导致其他国家将来跟大明作战死战到底。
所以，不能无差别杀，只能审判某些人的战争罪行。
最后曼努埃尔总督和保拉少将，都作为四年前屠戮的罪魁祸首、指挥发起者，被大明公开审判后，明正典刑腰斩。
其他获罪军官士官累计二百余人，不是当初犯有指挥屠杀的罪行，就是有主动扩大劫掠杀戮的行径，分别依照罪行轻重处以斩刑或终生苦役。
把这些人处理完之后，郑成功才释放了一条最为轻快的西班牙战船，以及百余名俘虏作为水手，允许他们带几个西班牙文职人员回国报信，跟大明进行停战谈判。
郑成功的举动，着实让一些部将不理解：“公爷，为什么不把这些人斩尽杀绝？跟这些金毛蛮夷还有什么好谈的？直接把地占了就是了呗。他们不服敢打回来，那就跟他们死磕到底，反正他们增援要四万里，来了也是以逸待劳有多少杀多少！”
郑成功却脸色凝重，很是求稳：“事情没你们想得那么简单，能长治久安当然要争取。而且王爷希望维系我大明在天下的声望，不让人觉得我大明是肆意征服土地的蛮夷，我们都师出有名，不过这也不是最重要的。
荷兰人和英吉利人、罗刹人在侵占土地方面一样不要脸，他们只在阳光下各国盯着的地方收敛一点，没人看到的地方卑鄙无耻至极。
最重要的，还有第三点：西班牙人在美洲海量挖掘开采的金银，至今还远远没有枯竭。我大明此前每年从贸易中所得的欧美白银，何止千万两？若是彻底把菲律宾这条线断了，以后就只有我大明自己去卖货，或者等荷兰人上门。多一个竞争对手的话，荷兰人也不好压价。
菲律宾此地，吕宋岛是最值钱的，当然要全部拿下，吕宋周边各地也要拿下，如此我大明从大员到吕宋之间的海峡两端，才彻底握于己手。
但菲律宾南部诸岛，有些蛮荒之地既无矿藏，也无航运港路价值，炎热又更甚于吕宋。唯有跟西班牙人明确谈判，跟他们划清边界。则其他能拿下的各岛，才不用我们去一个个清剿土著。还能留几个点勾引西班牙人继续来贸易，继续把美洲金银往这里送。这都是出战之前，摄政王就交代过我的高瞻远瞩。”
刘国轩陈近南等人没想到这么深远，当下闻言也就不再多说，任由国姓爷操心。
而此后数年，随着西班牙人认栽，割地换取释放俘虏，并且承认曼努埃尔总督此前的屠戮罪行罪该腰斩，不再与大明争竞。
