所以，朱树人就指出，一定要避免“鸡同鸭讲”、“外行指挥内行”的问题，不能再把十一个尚书级别的官员，都拉进内阁和稀泥讨论。
而最终讨论的解决办法，也是在各部之上，再设置“内阁协理大臣”，类似于此前的“内阁次辅”，只不过现在的内阁协理大臣可以有三到四个，然后不再是平等的**叉协理，而是分工明确，每个协理大臣只针对性分管某几个部（类似于后世副职的协理大臣，有些分管科教文卫，有些分管外交）
四位内阁协理大臣，第一位分管礼、文、藩三个部；
第二位分管吏、法；
第三位分管兵、商（就是把对外航海殖民跟国防交给同一个协理大臣管，这是考虑到这个时代的殖民多是武装殖民，不是和平做生意，需要武力保护）
第四位分管民、财、工、内务府。
如此一来，内阁首辅改名为“内阁总理大臣”，下面副职的有四位“内阁协理大臣”，这四位内阁协理大臣再各自分管两到三个部级单位。
十一个尚书级别的存在，以后就不再直接进入内阁了。
但是特殊情况下，会允许内阁总理大臣或者内阁协理大臣同时直接兼任某一个部的尚书。如此一来，如果一个尚书同时又是内阁大臣，那他还是可以入阁议政的。
制度定下来之后，为了让新制度能顺利过渡，不至于遇到阻力，首批的人选自然也要慎重。
朱树人本人其实已经好多年没有到前台直接执政了，他原本也不是很在乎这些名分，他就想让张煌言直接从内阁首辅转为内阁总理大臣。
但是张煌言坚决推辞，说改革之后，内阁大臣的权力其实比之前又有所提升。在这种变法的关键时期，需要更镇得住场面的人来站台。
最后隐退数年的朱树人，只好勉为其难，先来充任一下大明的第一届内阁总理大臣。为这个岗位站站台，增加天下人民的信心。
他是不在乎的，但天下人民逼着他来安定人心，他也没办法。
朱树人之后，四位内阁协理大臣（排名分先后，越靠前的权力越高）分别是：
内阁第一协理大臣张煌言，分管吏部、法部工作；
内阁第二协理大臣方以智，分管民部、财部、工部，内务府工作；
内阁第三协理大臣郑成功，分管兵部、商部工作；
内阁第四协理大臣顾炎武，分管礼部、文部、藩部工作。
上述权力结构的调整，最后在小康十五年内全部完成。各部衙门和班底也顺势完成了拆分和重组，该新增人手的新增人手，该引入专业人才的引入专业人才。一切都非常顺利。
