自此，天主教以罗马教廷为中心，教导权主要于教宗与大公会议；东正教以君士坦丁堡为中心，教会最高权力属于东罗马帝国的皇帝。天主教的教首是罗马的教皇，俄罗斯东正教的教首则是莫斯科的东正教最高主教。除此以外，还存在一些其他独立的的东正教派别，比如希腊、亚美尼亚和塞尔维亚的东正教分支。
1096年-1291年，天主教为夺回被穆斯林占领的圣城耶路撒冷，展开了8次宗教战争（十字军东征）。
新教诞生
16世纪，德国、瑞士、荷兰、北欧和英国等地发生了教派改革运动，它产生出脱离天主教会的新教教会。领导人物是马丁·路德、加尔文等人，他们建立了新教和圣公会，脱离了罗马天主教。中国所称的“基督教”，基本上都是这个时候产生的新教。
基督教大合一（普世教会合一运动）
1962年10月11日由教宗若望二十三世召开，1965年9月14日由次任教宗保禄六世结束的第二次梵蒂冈大公会议上教宗特别指出：“如果天主教会应该为
教宗本笃十六世与东正教牧首巴尔多禄茂一世
过去教会的分裂承担责任，那么天主教会将会谦逊地呼求天主的宽恕。如果天主教会曾经开罪过其他非天主教的弟兄，那么天主教会也会求他们宽恕。另一方面，天主教会也会诚心地宽恕所有开罪过天主教的人。”
1965年12月7日那天，天主教和东正教彼此废除了加给对方的绝罚，在罗马和东方的法纳耳（phanar），双方同时宣读了相互宽恕书，取消了1054年两教会对对方判处的绝罚，使基督教东西两教会合一的希望放出光芒。大会草案指出：“天主教本身也需要认错和悔改，并重视分离弟兄所拥有的真理、成圣方式和福音价值。”会议的目标就是：“革新教会和渴望与分离弟
教宗本笃十六世与新教圣公会大主教威廉斯
兄们的合一。“第二次梵蒂冈大公会议《教会草案》中清楚说明：“基督是天主与人类间唯一的中保，圣母中保的角色完全隶属于基督。”
1999年10月31日，新教（路德宗世界联盟）和天主教双方高级代表就“因信称义”问题在德国奥格斯堡签署《因信称义联合声明》（jointdeclarationthedoctrinejustification，jddj）[6]，声明指出：人的得救和成义，除了来自上帝白白恩赐的圣宠外，也需要人本身的努力来配合上帝所赐的得救圣宠。双方在联合声明的“成义”教理上取得基本共识，撇除谴责。结束了双方近五百年来的争执。
2006年7月23日，新教（路德宗世界联盟）、新教（世界卫理公会协进会） （worldmethodistcouncil）及天主教在韩国举行的新教（世界卫理公会大会）上，也接纳了该份声明。[6]
2009年1月19日，天主教教宗本笃十六世举行了传统性的大公接见活动，会见了前来罗马庆祝圣亨里克节日的新教（路德宗）教会代表团。这项会晤是在第101届促进基督信徒合一祈祷周的开端举行的。
2010年12月16日上午，天主教教宗本笃十六世接见新教（路德宗世界联盟）主席穆尼伯·尤南牧师及其代表团。
2教义
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基本教义
