唐景崧现在也是进退两难，布政使顾肇熙和台湾兵备道陈文騄已经借机逃回大陆，二、三把手的出逃更弄得岛内人心惶惶，大批官员也开始纷纷出逃。但他走不了，朝廷让他守在台湾办理交接，但这可能么？
而两江总督张之洞却给他拍了封电报，让他尽力守住台湾两、三个月，哪怕手中有一府一城之地，就能引起列强出兵干涉，最终日本人不得不放弃台湾。而且法国人也表示愿意租借台湾之地，又让他心底燃起一丝希望。
经过一番商议，陈季同向唐景崧提出拯救台湾的新计划：仿照西方惯例，宣布台湾自主，成立一个临时抗日政权，由义军和和守台清军联合作战，领导台湾军民抗日保台。这样就能够名正言顺地进行抵抗，又免得将清政府牵扯进来，同时还可以争取到列强的支持。
在台湾一些留台官员和台湾绅商的支持下，5月25日，台湾民z主国正式成立。台湾绅商林维源、林朝栋、丘逢甲等人共推唐景崧为民z国总统，以台湾巡抚署为总统府,改国号为“水清”，寓永远隶于清朝之意。
这一天，台北绅民数千人，在丘逢甲等人的带领下，在唐景崧的衙门前，举行台湾民z国总统就职典礼。唐景崧从内衙走出，先向北京行九叩大礼，然后转身南向，接受丘逢甲和台北民众的两跪六叩大礼，并接过了丘逢甲献上的国玺和总统大印。这时，炮台上升起了台湾民z国国旗，井鸣礼炮11响，在台的外**舰和船只也升旗鸣炮表示祝贺。
随后唐景崧宣布台湾民z国的内阁任命台北时期政府组织：
大总统：唐景崧，军务大臣：李秉瑞，内务大臣：俞明震，外务大臣：陈季同，义军总兵：李惟义，团练指挥使：丘逢甲，游说使：姚文栋，议长：林维源，台中镇守使：林朝栋，台南镇守使：刘永福。
台湾总统唐景崧当天向清廷电告此事，并称自己不情愿当这个总统的，是被台民强留下来的，等台湾事稍定，如果能够脱身，一定赴京请罪。
由台湾人自发组织的抵抗战争就此开始。
1895年5月10日，即烟台换约后的第二天，日本政府为以武力割占台湾，下了一道命令：“兹将海军军令部部长桦山资纪晋升为大将，任命其为台湾总督兼军务司令官，即日赴台。”
5月13日上午，日本政府从东京致电美国驻北京公使田贝并转给清政府，要求派员去台湾办理交割手续。其电文如下：“日本朝廷业已派水师提督子爵桦山资纪作为台湾、澎湖等岛巡抚，并授以钦差大臣之职，准其按照马关所立条约之第五款末节办理一切事宜。该抚约于两礼拜之内赴任。抵任时，即行办理特委事件。日本政府即希中国政府立派钦差大臣一员或数员进行交割。
给事中谢隽杭上奏，指名要李鸿章父子亲赴台湾交割。谢隽杭的奏折这样写道：“此事即系李鸿章、李经方主谋，岂有功届垂成，反自逍遥事外之理?且该大臣等即能定割地请和之策，自必具有用夷变夏之才。请旨饬派李鸿章、李经方等迅速亲赴台湾，依限交割。”军机处认为谢隽杭的奏折极有道理，反正你们父子惹下的麻烦，屁股还得你们自己擦，总不能让别人再背上“卖国”的骂名吧，反正你们父子怎么也洗不脱“卖国贼”的名声了。
5月18日朝廷将谕旨电寄李经方：“著派二品顶戴前出使大臣李经方前往台湾，与日本派出大臣商办事件。钦此。”?李经方接到这个谕旨大吃一惊，心想如果此次去台湾，非但事情难办妥，而且恐怕连性命也会不保，还是装病不去为妙，便请父代奏请个病假。
李鸿章写了一个奏折，致电北京说：“李经方自马关随同回津后，因忧劳成疾，回南方就医。商交台湾事体繁重，似未便令对情形隔膜、资浅望轻之员搪塞外人，必至贻误。李经方实不胜任，请旨收回成命，另行简派。”
