满清朝廷面对战场失利已经吓破了胆，慈禧出面重掌朝政，当时旅顺失守，慈禧太后害怕日军进犯京津，便不顾光绪皇帝等人的反对，先指使奕?委托田贝秘密向日本疏通，后于1895年1月14日正式派户部侍郎张荫恒、湖南巡抚邵友濂为全权大臣，并请美国国务卿科士达为调解人，赴日求和。当时日军正在猛攻威海卫，由于军事上的胜利，它的侵略胃口非常大，气焰极为嚣张，它觉得使清政府无条件投降的机会还未到来，因此借口“全权不足”，将清政府的这两位求和代表侮辱一番，驱逐回国。
日本虽然在战场上连战连捷，但毕竟财力有限，战争带来的巨大消耗进一步加重了日本民众的负担，自1894年底以来，日本不少地方都爆发了农民暴动，社会动荡不安。所以日本首相伊藤博文于2月2日向清政府提出了和谈的要求。但日方公开指定要李鸿章充当全权代表，并向清政府提出，必须以割地、赔款为“议和”条件，否则就无需派代表前往日本。这时慈禧等人十分害怕战争继续下去，为了求得停战，决心不惜任何代价达成和议。于是1895年3月，赶忙按照日本的旨意，改派李鸿章为头等全权大臣，带着美国前任国务卿科士达为顾问，前往日本与日本首相伊藤博文、外务大臣陆奥光宗进行谈判。3月20日双方在春帆楼会见，正式开启了和谈。
在和谈的同时，日军出动军队和军舰，攻占了台湾门户澎湖。4月17日，李鸿章代表清政府与日本签订丧权辱国的《马关条约》，条约中规定割让辽东半岛和台湾、澎湖给日本，并赔偿日本政府军费白银二万万两。
《马关条约》签定的当天晚上，清政府签约割台的消息就通过台北的外国洋行很快传遍全岛。台湾巡抚唐景崧立即发电清廷询问实情。第二天，群众齐聚台湾省巡抚衙门，台湾士绅、工部主事丘逢甲代表台湾民众起草了反对割台的电文：“和议割台，全台震骇。自闻警以来，台民慨输饷械，不顾身家，无负朝廷。列圣深仁厚泽二百余年以养人心士气，正为我皇上今日之用，何忍一旦弃之？全台非澎湖之比，何至不能一战?臣等桑梓之地，义与存亡，愿与抚臣誓死守御。设战而不胜，请俟臣等死后再言割地，皇上亦可以上对祖宗，下对百姓。如倭酋来收台湾，台民惟有开仗!”
4月19日，朝廷复电台湾巡抚唐景崧，正式告诉他割台一事，并给他解释了割台的苦衷：“台湾虽重，比之京师则台为轻。倘敌人乘胜直攻大沽，则京师危在旦夕。台湾弧悬海外，终久不能据守。……不可因一时义愤，遂忘以前所陈种种患害于不顾也”
21日，台北商民鸣锣罢市，拥入巡抚衙门，哭声震天。唐景崧电奏光绪皇上，请求保住台湾。他在电报中说：“祖宗缔造之艰，史册俱在，传至二百余年，失自皇上之手，天下后世，谓皇上为何君?他日更何以见祖宗于地下？臣为祖宗守土，惟有与台为存亡，不敢奉皇上之诏。”
为了保全台湾，一些官绅希望依靠欧美列强向日本施加压力，清廷先后向英、法、德提出将台湾归他们保护，但列强不愿与开罪日本，都拒绝了。特别是德国政府斥责清廷是在鼓动台湾民变，破坏协定，向清廷提出警告，如果中日再开战，不仅台湾不能保，而且割地赔款会更多。李鸿章也认为，日本方面态度强硬，如果收回台湾将导致重开战端，危及京畿和辽沈。已经被战争吓破胆的清廷反复权衡，最终决心放弃台湾。5月20日，下令“署台湾巡抚布政使唐景崧，著即开缺来京陛见；其台省大小文武官员，并著饬令陆续内渡。”而李鸿章也专门向伊藤博文拍了电报，称“日本自应派遣水陆各军，以资弹压，保持平安。”
清政府已经决定放弃台湾，但台湾的官绅百姓却不甘心就此成为日本人的顺民，但今后该何去何从，上到名为最高军政长官的唐景崧，下至普通百姓，其实每个人的心里都没有什么底，也不知该如何处置。
