起事时，因他是众望所归，强行将他夹裹在军队之中。
结果，梁山一战便一败涂地。
跋摩见船只狭窄，离岸又远，断定必有人毙命，不如自己跳下去，正可多救一人，于是一心称颂观世音，手持邛竹杖跳入江中。
他很奇怪水才没到膝处，便用竹划水，朝模糊的水岸游去。
猛然，一童子从后面来，用手牵住他，他回头说：“你一个不尿频孩子如何能渡得过我呢？快自己逃命去吧！”
恍忽之间，才觉行了十几步，便到了岸上。
他脱下衲衣想报答童子，抬头时却了无一人。
跋陀罗浑身毛发竖起，知道是神力相助。
孝武帝下令：找到摩诃衍要好生照顾，护送京城。
很快，他便出现在孝武帝面前。
宣暄毕，孝武帝问他事情的原委，对他说：“朕盼望法师已经很久了，到今天才得相见。”
“贫僧既已沾染罪过，理当粉身碎骨。现在蒙陛下接见，如获重生再造。”
“法师不必过于自责，罪在义宣。我且问你，参与谋逆的有哪些人呢？”
“出家人不参与军事，但张畅、宋灵秀都逼迫过我。贫僧惟一明了的，是宿缘所定，难逃此劫。”
“法师放心，这没有什么可怕的。从现在起，你就住在后堂，朕随时请教。”
会见结束了，跋陀罗仍被奉为高僧。
当初在荆州十年，他与谯王书信来往，无不记录在案。
平叛后朝庭派人检查书信，发现他言及军事者连片言只语都没有。
孝武帝更相信了他纯净谨慎，礼遇愈加优厚。
两人谈论道法之余，也闲谈山水人物。孝武同他开玩笑：“想念丞相吗？”
“受他十年供养，怎能忘记他的恩德呢？现在我向陛下求愿，愿为他烧香三年。”
“法师果然是仁义至尽，朕答应你就是了。”孝武听后不由得面色惨然，他没有理由拒绝。
一年一年过去，跋陀罗终于老了。
孝武帝在东府举行宴会，王公大臣齐集，下令召见跋陀罗。
当时跋陀罗未及净发，须眉皆白。
孝武帝遥遥望见他，转身对尚书谢庄说：“摩诃衍聪明善解，只是老了。朕试问他一问，他必能领悟。”
跋陀罗迈步登阶，孝武帝上前相迎：“摩诃衍不负远来之意，但惟有一在。”
“贫僧远来归依帝京，已近三十年。天子的恩泽礼遇，使我愧不敢当。但年过七十，老而且病，惟有一死在。”他应声答道。
孝武令他近身而坐，满朝文武无不瞩目。
跋陀罗在秣陵境内凤凰楼西侧造寺。
每到半夜，便听见推门呼唤之声，看时却没有人。
众僧也屡做怪梦，常有人梦中狂呼乱叫，如遭酷刑。跋陀罗烧香咒愿：“你们宿缘在此，我现在造寺，行道礼忏，都是为了使你们早日得到解脱。若想住下去，就做护法善神，若不住，各找各的去处安居吧。”
当晚，僧俗十几人梦见鬼神数千，挑着担子移去，众人从此才得安宁。
大明六年，天下大旱，众人祈祷山川，但数月都无效果。
孝武请跋陀罗求雨，并很是绝情地说：“法师高明，一定要感动上天，若无灵验，从此就不要再见面了。”
“贫僧有何功德？不过，仰仗佛家三宝与陛下天威，定会降下甘霖。若不见效，是老朽心意不诚，也就无颜再见陛下。”跋陀罗知道，君王待人，向来是为我所用，并无什么可说的。
他到北湖钓鱼台烧香祈请，不吃不喝，默诵经典，并加上神咒。
第二天晡时，西北方乌云如车盖般冒出。
太阳落时，狂风暴起，阴云四合，大雨从天而降。
跋陀罗在雨中静立，如黑色的石头。
