慧远身边的武士，有的紧紧握住了佩带的利剑。但武帝为显示其开明，强忍着没有发作。
慧远把这些都看在眼里，可他却毫无惧色，仰头直视武帝，继续朗声而谈：“陛下统领辽阔疆土，得到至尊的地位，却听从庸人的意见，要毁灭佛法。您说真佛没有形象，的确是如此。但有耳目的众生，却可以通过佛经来知佛理，通过佛像来识真佛。如果要废除佛教，众人用什么来敬真佛呢？”
武帝说：“真佛众人自然知道，不需要借助于佛经和佛像。”
慧远说：“汉明帝之前，没有佛经佛像，众人为什么不知道虚空是的真佛呢？”
武帝不能回答。
慧远说：“如果不借助于佛教，人们就能知道佛法。那么三皇五帝没有文字的时候，人们就应该知三纲五常之类的东西了。但那时的人们，只知其母，不知其父，和禽兽一样。”
武帝仍然无话可说，但恼怒之色已溢于脸上。
慧远又说：“如果因为佛像无情，就要废佛教。那么国中前朝天子的画像，难道就有真情，而必须加以尊敬吗？”
武帝没有回答，却说：“佛经是外国的法，本国不用。前朝上代所立的像，我也要废除。”
慧远说：“如果因为是外国的法就要废而不用，那么昔日孔子的说教出自鲁国，难道秦晋之地就要废除吗？若要把前代的画像废掉，那就是不尊重祖先，不尊重祖先，就会人伦失序，人伦失序，儒家的五经也就失去了作用。那么您怎样守儒家之义呢？儒教废了，怎样治国呢？”
武帝说：“鲁国和秦晋虽然是不同的封地，但都是周王的国土，所以儒教和佛教不同。”
武帝手下的臣子早已怒因而视，慧远毫不在意。继续追问：“若认为秦鲁同为一国，那么佛教盛行的中国与天竺，虽然国界不同，但没有哪个不在浮屠四海之内，两国也可以说是一个王国。那么我们为什么不尊佛教，却要废除呢？”
武帝又不回答。
慧远说：“您说退僧还俗，崇孝道，养父母，确实是儒家的主张。但献身于佛道，以使父母显贵，也是行孝道，何必还家才是孝呢？”
“父母恩情深重，以投空做为资养，是背弃父母，是大不孝。”武帝反驳说。
慧远说：如果像陛下所说，陛下左右的人都有父母，您为什么不放他们回家，却让他们服役五年而不得与父母相见呢？”
武帝说：“我依你所说，让手下回去事奉父母。”
慧远又说：“佛教也讲孝道，僧人冬夏修道，春秋回家事奉父母，所以有目连乞食养母，如来看棺入葬的事。佛法要通的是大理，不可独自废掉。”
武帝又无言答对。
慧远厉声问道：“陛下现依王权而灭佛法，是邪恶之举。地狱是不择贵贱的，陛下难道不怕下地狱吗？”
武帝大怒，瞪着两眼看着慧远：“只要使百姓能得到富乐，我宁愿下地狱！”
慧远又高声说：“陛下用邪法教化民众，人民会与陛下同受各种苦难，哪里有什么欢乐呢？”
此时，众僧已为慧远所说的惊得目瞪口呆，惟恐他会遭不测。
武帝虽想加害慧远，但因为理屈词穷，不便下手，而其灭佛之心更加坚定。
当下传旨说：“众僧先回去，以后再集会讨论，有司记下刚才与朕辨论的姓名。”
不久，周武帝颁布禁佛教的诏书，北方的寺院几乎全部被毁，僧人们大都南逃。佛教遭到惨重的打击。
退出大殿后，上统等法师上前握住慧远的手，声泪俱下：“天子的威势难以犯触，你能穷经理而护佛法，的确是活菩萨。武帝的罪过不可恕。你为护法尽了心。”
慧远说：“正理必须申张，哪里顾得上性命。”
接着，慧远又与诸僧辞别：“时运不济，天子的旨意不能违抗，恕我不能奉陪。但佛法是不会灭绝的，我们解脱的愿望是能够实现的，诸位不必为此担忧。”
慧远出家时十三岁，最初投奔僧思禅师。僧思禅师道法高深一见到慧远，就对他说：“你有出家的面像，要珍惜这个机缘。”
僧思一开始就让慧远自己读经，他随时对慧远进行训诲。
慧远一不小心，僧思就拿鞭子抽他，所以慧远学法非常刻苦。
慧远离开僧思，又从阖梨湛律师、上统、大隐等学法。
