朱允炆临朝，百官奏事，决定群臣的面议可否施行时，朱允炆有时命令方孝孺趋身屏风之前批答文书。当时修撰《太祖实录》以及《类要》诸多典籍，方孝孺都担任总裁。更定职官制度时，方孝孺的官职改为文学博士。燕王朱棣起兵南下，朝廷议定讨伐，诏令、檄文皆出于方孝孺的手笔。
朱允炆派遣燕王的堂姐庆成郡主前往燕王军中，陈述割地议和的条件，燕王不听。
朱允炆命众将调集水军于江上，而陈瑄率战舰投降了朱棣，燕军便渡过了长江，时间是六月乙卯日。朱允炆忧虑畏惧，有人劝他前往别的地方，图谋复兴。
方孝孺坚决请求守卫南京城池以待援军，即使事不成功，也应为社稷而死。乙丑日，金川门大开，燕军入城，，方孝孺也被抓进了监狱。
当初，朱棣率军从北平出发时，姚广孝把方孝孺托付给朱棣，说；“南京城攻下之日，他一定不投降，希望不要杀他。杀了方孝孺，天下的读书种子就灭绝了。”朱棣点头应承。
至此，朱棣想要方孝孺起草即位诏书。方孝孺被召到朝廷，悲切哀恸的声息响遍大殿的台上台下。
朱棣走下卧榻慰问他说：“先生不要自取忧苦，我的打算只是想要仿效周公辅佐成王的方式。”方孝孺问：“周成王在哪里？”朱棣答：“他为国而死。”方孝孺又问：“为什么不立成王的儿子？”朱棣说：“国家有赖于成年的君王。”方孝孺说：“为什么不立成王的弟弟？”朱棣答道：“这是我们朱家的事。”回头示意左右侍者授予方孝孺纸笔，说道：“诏示天下，非得由先生您来起草不可。”
方孝孺把笔掷到地上，边哭边骂道：“死就死了罢，诏书我绝不能起草。”朱棣发怒，命令将方孝孺车裂于街市。方孝孺慷慨赴死，作绝命之词说道：“上天降下战乱忧患啊，谁知道其中的缘由，奸邪的臣子如了愿啊，求取国柄耍弄计谋。忠正的臣子愤怒悲怨啊，血泪淌流；以此血泪为君殉葬啊，或者另有什么企求。呜呼哀哉的悲鸣啊，大概不是我的怨尤。”时年四十六岁。
他的门生、德庆侯廖永忠的孙子廖镛与其弟廖铭收拾他的遗骨，掩埋在聚宝门外的山上。
“十大悲情才子榜第三名——文天祥（亡国，归属大华王朝！）”
“奖励：粮草八十万！”
南宋状元郎文天祥，字宋瑞，号文山，1236年生于江西庐陵淳化乡富田村的一个地主家庭。其父爱读书，也很重视孩子们的学业，设法聘名师就教。文天祥无论寒暑都要在贴满格言警句的书斋中与弟弟一起诵读、写作、谈古论今。
18岁时，文天祥获庐陵乡校考试第一名，20岁入吉州白鹭洲书院读书，同年即中选吉州贡士，随父前往临安应试。
在殿试中，他作“御试策”切中时弊，提出改革方案，表述政治抱负，被主考官誉为“忠君爱国之心坚如铁石”，由理宗皇帝亲自定为601名进士中的状元。4天后父亲不幸病故，文天祥归家守丧3年。
1276年正月，谢太后执意投降。元将伯颜指定须由丞相出城商议，丞相陈宜中竟连夜遁逃，文天祥即被任右丞相兼枢密使都督出使议和。谈判中，文天祥不畏元军武力，痛斥伯颜，慨然表示要抗战到底遂被扣留，又被押乘船北上，文天祥初以-，后在镇江虎口脱险。
由于元军施反间计，诬说文天祥已降元，南返是为元军赚城取地，文天祥屡遭猜疑戒备，颠沛流离，千难万死两个月，辗转抵温州。这时，朝廷已奉表投降，恭帝被押往大都，陆秀夫等拥立7岁的赵端宗在福卅即位。文天祥又奉诏入福州，任枢密使，同时都督诸路军马，往南剑州建立督府，派人赴各地募兵筹饷，号召各地起兵杀敌。秋天，元军攻入福建，端宗被拥逃海上，在广东一带乘船漂泊。
