后来，孙坚在攻打荆州的治所襄阳的时候中箭身亡，孙坚的部曲就被袁术全部吞并了。朱治不想委身在袁术的麾下为将，便回到江东，在吴郡担任都尉。
此次孙策南下领兵夺取江东，便是暗中获得了朱治等人的支持。周尚派兵协助孙策击败驻扎在长江渡口张英、樊能的时候，朱治也率领一千精锐的丹阳兵，兵不血刃地诈取了牛渚山大营，缴获了可供两三万大军使用半年的粮草辎重，为孙策的军队提供了有力的支援。
夺取牛渚营后，孙策采纳了周瑜的计策，立刻轻装简从地赶往秣陵，准备趁秣陵守军还不知前线兵败之际，快速夺取秣陵城，打开通往刘繇治所(曲阿)的门户通道。
由于孙策所部走得太急，就没有携带大批的粮草辎重。朱治因为性格谨慎，被孙策留下来督运粮草辎重送往前线。
朱治虽然率领着三千士卒押运粮草辎重，可这些士卒中大部分是新招募的降兵。只有一千丹阳精兵是他的私人部曲。
为此，朱治在运粮的途中，一直都小心翼翼，不敢有丝毫的马虎。
等士卒和民夫用过午餐后，朱治立刻督促着运粮队伍上路。队伍开拔之前，朱治又下令让军中的斥候将前面探查的范围扩大至十里，以防中了敌人的埋伏。
朱治下完令后，他的副将孙河在一旁埋怨道：“将军也太过小心了一点，刘繇的军队早已经被我军吓破了胆，他们现在躲咱们都来不及，如何还敢前来劫粮。”
朱治摇头道：“孙河将军，敌人虽然兵败，却有许多溃兵下落不明，咱们负责押运粮食，小心一点总归是没错的。”
“将军就是太谨慎了，末将到是希望有敌人前来劫粮，这样我还可以多砍几个人头作为战功。”
朱治在心里暗自叹息，这个孙河是孙策的族弟，此人有勇无谋，他只知道杀敌可以立功。却不知相对于粮草辎重的安全，砍下几颗敌人的人头又算得了什么功劳。
