永乐二十二年（1424年），六十五岁的朱棣在北征返京的途中病逝。由于大臣的精心安排，太子朱高炽顺利登基，是为明仁宗。
这一年，朱高炽已经四十七岁，几近知天命之年，如此晚成的皇帝，终明一朝都十分罕见。
朱高炽因为肥胖，且身有残疾，不为父皇朱棣所爱，之前一直生活在微妙而危险的环境下，多年来战战兢兢，如履薄冰，而今终于得到了解脱，不免有些放纵起来。这放纵，自然是指美色了。
李时勉听说后，立即上书劝谏道：“谅闇[28]中，不宜近妃嫔。”又道：“侧闻内宫远自建宁选取侍女，使百姓为之惊疑，众人为之惶惑。”
暗指朱高炽嗜欲过度，不该“旭日已旦”才上朝，更不该派人到建宁选取宫女，惊扰百姓，劝皇帝“谨嗜欲”。
朱高炽阅览奏章后，怒不可遏，立即将李时勉召到皇宫偏殿，要他当面说个清楚。李时勉竟丝毫不给皇帝面子，毫不退让，且言辞激烈地批评皇帝。朱高炽本是极好的脾性，至此再也按捺不住，命武士以金瓜[29]扑打，当场打断了李时勉的肋骨。
朱高炽还不解恨，又下旨将李时勉贬为交阯道御使，命他一天审一案、言一事。但皇帝此举不过是为了折辱李时勉，李时勉尚未动身出发，愤恨难平的朱高炽又下令将李时勉投入锦衣卫监狱。
直到垂危之际，朱高炽仍不忘李时勉当廷的侮辱，对亲信大臣夏原吉道：“李时勉廷辱我。”越说越怒。
夏原吉百般慰解，朱高炽仍然不能释怀。当天晚上，皇帝撒手归西，享年四十八岁，在位仅十个月。
这件事后来传了开去，闻者不免奇怪，如果不是因为朱高炽纵欲无度，李时勉奏疏触及其痛处，仁宗皇帝又怎会如此耿耿于怀，至死不忘？
李时勉入狱时已经被打得半死，生命危在旦夕。他曾经偶然捡获锦衣卫指挥朱护妻子的传家之宝，当即设法归还，且没要任何回报。朱护一直想找机会报答李时勉，便暗中加以照顾，又寻到十分难得的血竭[30]，为李氏治伤。如此，在朱护的精心照料下，李时勉不但保住了一条命，就连断掉的肋骨也被接好。但事情并没有就此结束。
明宣宗朱瞻基即位后，有人告诉他李时勉曾当众侮辱仁宗皇帝，直接导致先帝病情加重，终至丧命。明仁宗朱高炽病殁时，朱瞻基人在凤阳祭祖，他还是第一次听说这件事，闻声大怒，立即派使者去大狱提李时勉，并发狠道：“缚以来，朕亲鞫，必杀之。”
使者走后，朱瞻基越想越生气，又改变了主意，招手叫过当值的锦衣卫指挥王某，命他立即将李时勉直接绑赴西市斩首，不必再行入见。不料机缘巧合，王指挥刚从端西旁门出去，使者已经带着李时勉由端东门进入，双方没有碰上，李时勉幸运地逃过了一劫。
朱瞻基一见到李时勉，便怒骂道：“你等小臣，竟敢触先帝！疏何语？趣言之。”
李时勉叩头答道：“臣言谅闇中不宜近妃嫔，皇太子不宜远左右。”
听到原来是因为这件事，朱瞻基这才怒气稍解，叹息了半天，连声称赞李时勉“忠臣”，下旨复其官职。等到王指挥去锦衣卫大狱提人不得回来复命时，李时勉已经冠带立于阶前，阶下囚转瞬间变成了朝中显贵。
明宣宗朱瞻基病逝后，李时勉参与修《宣宗实录》，书成，进为翰林学士，不久又擢升国子监祭酒。
此时的李时勉已经因德高望重而名满天下，文人士子仰慕其节操正直，无不争相归依，执弟子礼。英国公张辅率领贵戚们上书，请求到国子监听李时勉讲学，得到允准后，均欣然到国子监受教。除张辅与李时勉执平礼外，余人均不敢坐下，以学生自居。这一幕，被誉为大明立国以来最大的太平盛事。
在政治上，李时勉与朝中正直大臣一样，坚决反对宦官干政。由于他刚直不阿，率性敢言，深深得罪了大宦官王振。
