同时，因为马尾船坞太窄，受伤严重的“镇远”号无法入坞维修，这艘船在舰长林泰曾少将的指挥下前往上海的江南造船厂维修，其他受创战舰，抵达马尾后，以“沧远”、“泰安”、“康济”的先后顺序进入马尾造船厂，在那里维修。
北洋仍然保持战斗力的“定远”号铁甲舰，以及南洋的开济级六舰，掩护沧远等舰前往马尾之后，先前往澎湖巡逻，恢复台澎闽之间的海峡航运，掩护运输船给台湾守军提供增援和补给，然后再南下前往广州，为福建提供海上防务，等待各伤舰修复后，南下越南寻找战机与法国舰队再战。
10月10日，朝廷给北洋发报，同意丁汝昌的计划。
第二天，一路狂奔逃回刘公岛的“济远”号舰长方伯谦，以及向南逃回广州的南洋水师“登瀛洲”、“海境”两舰舰长被捕，三天后，方伯谦以临阵脱逃的大罪被处斩，南洋两艘炮舰的舰长则因为当时整个舰队都在逃，他们并非主谋而侥幸得生，但也被降职为上尉，责令戴罪立功。
10月13日，明廷追究李诚谋遇敌不战而逃的责任，考虑到他的任务确实是与北洋会师，而且抵达会师地点后没有继续逃亡而是从沉着防守，因此只把他从中将降职为少将。
至此，南北两洋已经只剩下丁汝昌一位中将。
朝廷也没有继续犹豫，给丁汝昌加衔太子少保，命其在战时总领帝国各路水师（包含北洋、南洋、船政和各省、长江旧式水师）。
之后，丁汝昌给海军部发报，对镇海海战的有功人员论功行赏，大明内阁和海军大臣李鸿章一律准许，甚至还主动赐予北洋水师官兵一万两银，作为犒赏。
官兵们对此欢呼雀跃，但丁汝昌、刘步蟾等人则不为所动，向朝廷开出更多价码——请朝廷无论如何想办法调拨一些炮弹。
在丁汝昌看来，相对要权要官要钱，这个要求可能是最让朝廷为难的。
却没成想，内阁还是一口答应下来，并表示很快就会有几艘运输船前往澎湖，给南北水师运送一批宝贵的炮弹！
