随着汉城易手，甲午战争的第二个阶段（第一阶段是日本战略进攻，第二阶段算是明军肃清在朝鲜的日本军队）基本走向结束。
1894年9月中旬，朝鲜国王在京师拜别大明帝国光兴皇帝和内阁重臣们，随即带领自己的王子、朝臣和后宫嫔妃返回汉城。
几乎同一时期，在大洋舰队主力的配合下，大明第二朝鲜集团军攻克釜山，把朝鲜半岛上最后两万日本军队一扫而空。
至此，日本维新数十年所积攒的近代海陆军精锐已经基本损失殆尽。
海军方面只剩下以“吉野”、“浪速”为首的十几艘残破军舰。
陆军方面原有的七个常备师团，已经有五个被歼灭，损失兵力超过16万，本土的近代化部队只剩下尚未来得及登陆朝鲜的近卫师团和第四师团。
9月18日，明军大洋舰队出现在日本本土近海，当天炮击长崎，明军顶着要塞炮的还击深入港内，发现联合舰队残余力量不在此处之后才撤出。
9月20日，大洋舰队第四支队掩护陆军一部登陆琉球，十天后击溃占据琉球的日本军队，流亡京师已近十年的琉球王世子尚寅抵达首里，登基为王（此时他的父亲尚泰和长兄尚典仍在，不过被软禁在东京，因而被当初逃亡大明的林世功等人推举为新国王，大明内阁予以册封承认），同时宣布琉球复国。
日本在战争前期所获得的战利品已经全部吐了出来，不过这不妨碍他们继续在伦敦跟大明谈判代表顽抗，日本特命全权代表陆奥宗光的新条件是：日本同意放弃琉球和朝鲜的利益，双方就此停战。
然而琉球和朝鲜本来就已经拿回来了，大明方面不可能什么都不要，就此轻飘飘的放过日本人。
因此，占据战略主动的大明谈判代表直接要求把下一轮会谈地点从中立国的伦敦转移到大明的领土上海进行，否则谈判没有继续下去的必要。
日本人当然不可能同意在大明的领土上谈判，那意味着自己将任人宰割。
于是战争继续进行。
明军方面，陆军在朝鲜的第二集 团军和第三集团军得到整编，重组为日本远征军第一集团军和第二集团军。
大明准备以此作为远征日本本土的核心武装。
曾经驻扎朝鲜多年的袁世凯上校晋升少将，他手下的练营部队被重组为一个新的改良军步兵师。
除此之外，大明把朝鲜王军的残余部分和义军中敢战能战的兵力挑选出来，以缴获的日本武器武装，改编为朝鲜王国近卫步兵师（改良军级别）。
琉球王国方面也在准备组建一个改良军级别的海防旅。
当然，时间紧迫，这两个师一个旅不可能拥有真正改良军的战斗力，因而只是在远征军的建制内，除了挑选几百人组成一个象征性的步兵营（琉球为一个连），形成明朝琉三国联军共同讨伐日本的态势外，其余部队不会参与对日本本土的远征行动。
除了兵力外，明军在釜山、济州岛、对马岛以及琉球等地大量储备物资，粮食、弹药、饲料和药品、冬装等堆积如山，朝鲜国王屡次下令南方两道地方动员民众配合明军的储备和运输行动——对现在的明军来说，最大的问题不是如何把物资运到釜山等地，而是港口吞吐量过于低下，运到的物资卸载、分储所需时间过长。
一艘满载物资的蒸汽运输船，从大明的威海出发，两到三天时间就能够抵达釜山，但因为港口吞吐量不足，在釜山卸货却需要几乎同样的时间，而且前面未完成卸货的运输船大量积压在港口内，也让明军付出大量时间成本。
因此，这个时期，困扰大明远征军最大的难题不再是敌人的抵抗或物资输送困难，而是港口吞吐量实在太令人揪心。
迫不得已之下，明军不得不把排水量较小的运输船分流到朝鲜南方别的港口，然后雇佣当地人运输这些物资到指定地点入库。
这就给了饱受战乱之苦的朝鲜人一个很好的，恢复经济的机会。
最先抓住这个机会的，是朝鲜郡王心腹，被任命为朝鲜近卫师师长的洪启薰。
