11月19日，明军攻占横须贺，第四师团和神风队最后的残兵共4000余人退往长崎。
但随后，21日，明军第二波登陆部队强行在长崎附近登陆，失去了所有重武器和大部分兵力的日军无力阻止，眼睁睁看着另外两万明军登上九州岛。
四天后，11月25日，明军攻克长崎，守军全军覆没。
月底之前，明军派出一只偏师南下，攻占鹿儿岛，神风队最后八十多人在此地与明军巷战，结果被野战炮化为齑粉，这支组建不久的民团力量随即全军覆没。
九州战役，明军消灭日本正规军6000余人，民团接近3万，自身伤亡不超过1000。
1894年12月，明军继续向九州增兵，两个集团军14万大军全部登上日本人的土地——包含朝鲜近卫步兵师，袁世凯的第9改良军师和琉球国防军第一旅三支没什么战斗力的单位——因为日本人剩余的防御力量比想象中弱的多，因而这些原本没算进远征军中的新建部队也一起参与进来。
大明陆军部方面有让他们以战代训的想法。
12月10日，明军同时登陆本州岛的山口、广岛，以及四国岛。
除驻守广岛的第四师团余部进行了有效抵抗外，日军并未给明军造成过多麻烦。
12月15日之前，明军攻占山口县，20日第四师团放弃广岛，直接向大阪一带退却。
一开始本州岛的民团白虎队拒绝撤退，他们与明军主力在冈山一带爆发一轮激战，损失接近一万人，而明军伤亡不足百人，无奈之下也只能选择退往大阪。
1895年到来之前，明军主力占领了松江、鸟取、冈山等地，逼近大阪，同时登陆四国的部队也占领了四国岛的大部分地区。
这时，后方传来新的消息，俄罗斯帝国已经攻占函馆，北海道全境落入北极熊手中。
