从某种意义上来说，之所以还给船政水师保留一支小舰队编制，唯一的原因是马尾海校需要一些给在校生实习用的训练舰。
船政水师的地位正在飞快降低，甚至连船台上的战舰都保不住了。
6月初的时候，在海军衙门的调节下，北洋与南洋达成协议，吸收了船政四艘现役战舰后，南洋还能在未来两年获得马尾船厂正在建造的两艘小型装甲舰。
作为交换，正在英德两国建造的四艘巡洋舰，回国后将全部归入北洋麾下。
预计英德两国的巡洋舰将在年底之前完工，明年年初归国服役，因此这次交换也将在那时候完成。
船政水师的地位降低之后，还在马尾的船厂和军校也有不同的待遇——马尾海校预计将在1887年升级为海军大学，剥离主修造船的前学堂，整个学校以培养海军高级指挥人才为主。
与此同时，朝廷投资，在旅顺、天津、青岛、舟山、广州五个地点成立相当于职业学校的“海军专科学校”，为水师培养军士官和水兵。
被剥离出来的前学堂，则成为新的“北洋理工大学”的基干组成部分，从马尾搬到上海。
毫无疑问，江南理工是配套江南造船厂的项目，大明内阁显然有今后以江南造船厂为造船业核心，逐渐取代马尾造船厂的想法。
作为一个证明，朝廷下令抽调马尾船厂的骨干技术人员和主要机器设备前往上海。
这个命令实际上等于进一步削弱了马尾港作为大明近代海军摇篮的作用，但没人可以反对，因为马尾港的水文条件确实不如上海，接下来大明有自造四千吨级舰船的计划，将来还要建造更大的舰船，马尾港的情况属于一步慢步步慢，造船工业重心转移是必然的。
