最后，也是华人最重视的一点，土人的权益同样也被大大限制住了，荷兰承诺从此以后不再招收土人底层公务员，土人没有华人允许，不得进入华人社区，土人不得拥有枪械，华土若发生暴力案件，陪审团中必须是一半华人一半白人，而不能有一个土人。
实际上，协议达成以后，荷兰殖民地荷属东印度的大局势就从荷属东印度当局掌控之下的华土矛盾，转变成华人与荷兰人之间的直接竞争，而土人在其中所能起到的作用已经被压缩到最小。
6月1日，华人代表与荷属东印度当局代表在泗水签署和解协议，历时三个多月的第一次华土冲突（正式文件上的称呼）终于结束。战后统计，华人消灭了大约三万土人，俘虏超过十万，这些人大部分被华人强制押解到种植园，成为华人大家族的农奴和矿奴，只有少数人侥幸作为和解的标志被释放。
爪哇岛上五成的土人社区和村落被摧毁，六成的土人土地被华人吞并，华人在荷属东印度的经济实力飞速膨胀。
6月5日，爪哇局势基本平息之后，北洋舰队离开三宝垄，北上回国。
6月7日，北方，日本军队击溃朝鲜王军和义军的阻击，逼近汉城。
第二天，袁世凯上校下令部队放弃汉城向北撤退，临走的时候他带走了朝鲜国王、王妃、所有王子和朝鲜王国大部分两班贵族。
但是他抛弃了汉城的朝鲜民众。
6月10日，日本军队开进汉城，随即狂性大发，在汉城屠城！
贫穷的日本士兵见人杀人见物抢物，顺便还放了一把火，烧毁了大半个汉城。
日本人在汉城杀了两个星期，除了数千年轻女子被掳走，大约两万男子被作为劳工强迫随军之外，汉城其余六万多人全部被杀。
连带从釜山一路屠过来的地方，日本入侵不过两个月，朝鲜已经有超过二十万人被杀，十万多人被掳，经济损失不可计数。
不过，日军在汉城的暴行，实际上耽误了很多时间，对战争明显缺乏准备的大明迅速动员更多部队进入朝鲜，日本在初期难得的兵力优势时期正飞速流逝。
