1943年3月13日，德军轰炸机在战斗机的掩护下再次大举攻击马耳他，马耳他最后的喷火和飓风进行了英勇但绝望的抵抗。
双方损失都不小，但在空袭中，德军以轰炸机吸引了盟军绝大多数空中防卫力量，因而大约300架运输机（大部分是用缴获的意利亚**79/81三引擎轰炸机改造的，不得不说，意大利和法国真是北约优秀的运输大队长）得以顺利入场，并且释放3900名空降兵和他们的武器（分开投放的）。
降落行动整体顺利，但不列颠战役之后重新组建的德国伞兵在战斗中表现不佳，一度被守岛盟军的地面力量压制，岛上英军有一些丘吉尔和玛蒂尔达坦克，还有不少高射炮可以用来平射，只有轻武器的伞兵损失非常惨重，也未能按计划顺利攻占马耳他岛的机场。
不过没过多久，北约地中海舰队主力阵容出现，“罗马”号战列舰以强大的火力压制守岛盟军。
这艘战列舰在14日这一天打出1170发炮弹，严重破坏了马耳他的机场和岸防炮，并且成功掩护运输船队把7900名德军士兵和39辆4号坦克送到岛上。
北约在地中海的海上运输力量也已非昔日吴下阿蒙，随着法国、意大利在地中海的船厂开始大规模下水2000吨级战时标准船，北约已经无需像以前那样依靠鱼雷艇、驳船、渔船之类充当主要运输力量。
此次马耳他登陆作战，虽然仍有200艘驳船和渔船之类小船参与，但主力已经是多达40艘战时标准船了。
这些战时标准船可以帮助德军在第一时间把坦克直接运到岸上，虽然数量不多，但对盟军来说这是个巨大的震慑。
接下来，盟军守岛的装甲部队不得不对滩头发起绝望的反冲锋，试图把登陆德军赶下海，但在半路上他们就被北约舰队的巡洋舰和驱逐舰覆盖。
由于盟军机场被炮火破坏，北约舰队甚至肆无忌惮的派遣舰载水上飞机在盟军反击部队头顶徘徊，引导舰队以精确火力打击盟军进攻纵队。
在舰队炽热的火力的火力打击下，盟军反击虎头蛇尾的结束了。
这是整场战争以来，德军第一次尝到制海权制空权都在手中的甜蜜滋味，盟军这次反击结束后，守岛盟军被完全压制，德军的俯冲轰炸机几乎是随叫随到，任何盟军坚守的据点都会遭到重磅炸弹的精确打击。
以“罗马”号为首的北约地中海舰队环岛航行，随时准备以炽热的火力打击盟军集结地点和反击兵力。
战时标准船和各种型号的运输机不断把增援兵力、兵器和补给运上岛。
守岛盟军虽然有4万之众，而且有众多海岸炮支援，但在这种情况下，盟军能发挥的余地其实并不多——那些维多利亚时代的老式大口径岸防炮基本无法发挥作用，真正有战斗力的只有7门234和10门152岸炮，而这些岸炮只要开火几次，暴露自己的位置，就根本无法在斯图卡和“罗马”号编队的打击下幸存。
到1943年3月19日，登陆的德军已经高达7万人，140辆坦克，410门各种火炮。
这一天，德军顺利占领岛上几座主要机场，把守岛部队压迫到岛上几个中世纪的旧城堡中做最后挣扎。
20日德军进入瓦莱塔港，随即架起重炮直接轰击港内盟军最后也是最大的支撑点——著名的圣安杰洛堡。
这座城堡曾经是医院骑士团的核心，曾经顽强抵御过奥斯曼帝国大军的围攻，现在这中世纪的城墙已经无法抵御德国人现代化武器的攻击。
20日夜间，城堡外墙被德军轰塌，21日清晨，堡内守军不得不举起白旗投降。
圣安杰洛城堡的陷落标志着马耳他战役正式走向结束，守岛盟军开始大面积投降。
21日下午18时整，德国总参谋部宣布完全占领马耳他。
马耳他战役，德军伤亡6000余人，北约地中海舰队损失1艘巡洋舰（被一艘英勇的意大利鱼雷艇偷袭了，说真的，意军小型舰艇单独作战的时候，经常有特别惊人的表现），4艘摩托鱼雷艇，1艘防空驳船（这玩意实际是一种专门设计的双体登陆艇，分为重武装型、轻武装型、运输型，实际也算是一种战时标准船。所谓防空型属于重武装型，安装了4门88炮和多门20炮，火力堪比护卫舰。）和9艘登记吨位19000吨的战时标准船。
而盟军方面损失2.9万人（9000人伤亡，11000人成功通过空中和海上撤离，其余20000人被俘），守军所有重武器，以及1艘巡洋舰（在试图撤出守军时被斯图卡炸沉），1艘驱逐舰（损失原因同上），以及17艘登记吨位10万吨的运输船。
